12억 넘는 집 한 채 팔 때 양도세는 얼마? 고가주택 양도차익·장기보유특별공제 계산을 단계별로

"집값이 올라서 12억 원을 넘었는데, 한 채뿐이니 비과세 아닌가요? 아니면 세금이 얼마나 나오나요?" 요즘 자주 받는 질문입니다. 12억 원을 넘으면 비과세에서 빠지지만, 양도차익 전부에 세금이 붙지는 않습니다. 넘는 부분만 과세하고, 그 부분에 장기보유특별공제를 적용하는 순서로 계산합니다.

1세대 1주택 비과세의 기본 요건은 앞선 글 1세대 1주택 비과세 요건에서 정리했으니, 이번 글은 12억 원을 넘을 때 실제로 세금을 계산하는 순서를 숫자로 따라가 보겠습니다. 사례와 금액은 가상 수치이고, 개별 사안은 사실관계에 따라 달라질 수 있습니다.

1. 계산은 다섯 단계입니다

1. 전체 양도차익 = 양도가액 − 취득가액 − 필요경비
2. 과세되는 양도차익 = 전체 양도차익 × (양도가액 − 12억 원) ÷ 양도가액 (시행령 제160조제1항제1호)
3. 장기보유특별공제 = 전체 공제액 × 같은 비율 (시행령 제160조제1항제2호). 결국 과세되는 양도차익에 공제율을 곱한 것과 같습니다.
4. 과세표준 = 과세되는 양도차익 − 장기보유특별공제 − 양도소득 기본공제 250만 원(소득세법 제103조제1항)
5. 세액 = 과세표준 × 기본세율(같은 법 제104조제1항제1호, 제55조제1항), 여기에 지방소득세 10%

12억 원은 양도 당시 실지거래가액 기준입니다(소득세법 제89조제1항제3호). 공시가격이나 기준시가가 아닙니다.

2. 장기보유특별공제: 거주 2년이 갈림길

1세대 1주택으로서 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이면 표 2를 씁니다(소득세법 제95조제2항 단서, 시행령 제159조의4).

• 보유기간분: 3년 이상부터 연 4%씩, 10년 이상 40%
• 거주기간분: 2년 이상 3년 미만 8%(보유 3년 이상에 한정), 3년 이상부터 연 4%씩, 10년 이상 40%

거주가 2년 미만이면 표 1(3년 이상부터 연 2%씩, 15년 이상 30%)을 씁니다. 장기보유특별공제는 보유기간이 3년 이상이어야 받을 수 있습니다.

3. 가상 예시: 18억 원에 판 아파트

12년 전에 6억 원에 사서 18억 원에 팔고, 중개수수료 등 필요경비가 3천만 원이라고 해 보겠습니다. 1세대 1주택 비과세 요건은 갖춘 것으로 가정합니다. 다만 2017년 8월 3일 이후 취득 당시 조정대상지역에 있던 주택이라면 보유 2년에 더해 거주 2년도 비과세 요건입니다(소득세법 시행령 제154조제1항). 그래서 아래 표의 「거주 2년 미만」 줄은 취득 당시 조정대상지역이 아니었던 주택을 전제로 합니다.

• 전체 양도차익 = 18억 − 6억 − 3천만 = 11억 7천만 원
• 과세되는 양도차익 = 11억 7천만 × (18억 − 12억) ÷ 18억 = 3억 9천만 원

거주기간에 따라 세 가지로 나눠 계산하면 다음과 같습니다.

같은 집, 같은 가격인데 거주기간 하나로 세금이 7배 넘게 차이 납니다. 12억 원을 넘는 집일수록 「얼마나 살았나」가 가장 큰 변수입니다.

4. 놓치기 쉬운 세 가지

• 공동명의: 국세청 「2026 주택과 세금」은 공동소유 고가주택의 경우 주택 전체 양도가액으로 12억 원 초과 여부와 과세 비율을 계산한 뒤, 그 양도차익을 지분대로 나누는 사례를 싣고 있습니다. 부부가 반씩 가졌다고 각자 9억 원으로 보아 비과세가 되는 것은 아닙니다.
• 주택과 토지의 보유기간이 다를 때: 주택과 그 부수토지의 보유기간이 다르거나 일부만 양도하는 경우에는 12억 원을 주택과 토지 가액 비율로 나눠 계산합니다(시행령 제160조제1항 후단).
• 필요경비 증빙: 과세되는 양도차익이 전체의 일부라도, 취득가액과 필요경비는 전체 양도차익을 줄여 결국 세금을 줄입니다. 취득 계약서, 중개수수료, 자본적 지출 증빙을 모두 챙기시기 바랍니다.

5. 정리: 12억 원 넘는 집을 팔기 전에

• 예상 양도가액(실지거래가액)과 12억 원 초과 비율
• 보유기간과 주민등록상 거주기간(2년 이상인지, 몇 년인지)
• 취득가액과 필요경비 증빙
• 공동명의라면 전체 기준으로 계산한 뒤 지분별로 나누기
• 양도소득세의 10%인 지방소득세까지 포함한 금액

고가주택 양도세는 계산식은 길지만 결과를 가르는 변수는 몇 개뿐입니다. 성종회계에서도 상담할 때는 등기부, 주민등록 초본, 취득 서류부터 놓고 위 다섯 단계를 함께 계산해 드립니다.

궁금한 점은 이 사이트의 「상담 신청」이나 메일(cpa@taxhong.com)로 편하게 문의해 주세요.

자주 묻는 질문

12억 원을 넘는 집은 양도차익 전체에 세금을 내나요?

아닙니다. 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 고가주택은 「전체 양도차익 × (양도가액 − 12억 원) ÷ 양도가액」만 과세하고, 장기보유특별공제도 같은 비율을 곱해 계산합니다(소득세법 제95조제3항, 시행령 제160조제1항).

거주기간이 짧으면 세금이 얼마나 달라지나요?

보유기간 중 거주기간이 2년 이상이면 보유기간분(연 4%, 최대 40%)과 거주기간분(최대 40%)을 합친 공제율을 쓰고, 2년 미만이면 일반 공제율(연 2%, 최대 30%)을 씁니다. 가상 예시에서는 같은 집이라도 세금이 약 1,360만 원에서 약 1억 92만 원까지 벌어졌습니다(같은 법 제95조제2항, 시행령 제159조의4).

부부가 공동명의면 12억 원을 각자 판정하나요?

국세청 「2026 주택과 세금」은 공동소유 고가주택은 주택 전체의 양도가액으로 12억 원 초과 여부를 보고, 그렇게 계산한 과세 양도차익을 지분대로 나누는 사례를 싣고 있습니다.