종합부동산세 고지서를 받았다면 먼저 볼 것: 공제, 세부담 상한, 분납과 납부유예

해마다 11월 하순이면 종합부동산세 고지서가 도착하고, 금액을 보고 놀라 연락하시는 분들이 계십니다. 이때는 금액부터 걱정하기보다 고지서의 칸을 순서대로 짚어 보시는 것이 좋습니다. 이미 정해져서 바꿀 수 없는 부분과, 신청이나 납부 방법으로 부담을 조절할 수 있는 부분이 갈리기 때문입니다. 이 글은 종합부동산세법(시행 2026.01.01)과 같은 법 시행령(시행 2026.10.01) 원문을 기준으로 보고, 국세청 「종합부동산세 실수사례」(2024년 8월)도 참고하시기 바랍니다. 법령은 작성일(2026년 10월 11일) 기준이어서 공정시장가액비율 같은 숫자는 바뀔 수 있습니다.

사례와 금액은 가상 수치이고, 개별 사안은 사실관계에 따라 달라질 수 있습니다.

1. 가장 먼저: 6월 1일에 누가 소유했는가

종합부동산세의 과세기준일은 재산세와 같은 6월 1일입니다(종합부동산세법 제3조, 지방세법 제114조). 6월 1일 현재 주택분 재산세의 납세의무자가 종합부동산세를 낼 의무가 있습니다(종합부동산세법 제7조제1항). 연중에 얼마나 오래 보유했는지는 따지지 않습니다.

국세청 실수사례에 이런 경우가 나옵니다. 주택 두 채 중 한 채를 5월 30일에 잔금을 받기로 하고 팔았는데, 매수인의 요청으로 6월 3일에 잔금을 받고 소유권을 넘겼습니다. 6월 1일 현재로는 아직 두 채를 모두 소유한 것이어서 2주택자로 고지를 받았습니다. 국세청은 이런 경우를 설명하면서 매도는 6월 1일 이전에 잔금을 받는 편이, 매수는 6월 2일 이후에 잔금을 내는 편이 유리하다고 안내합니다. 이미 지난 일은 되돌릴 수 없으니, 올해 고지서에서는 6월 1일 현재 주택 수가 맞게 잡혔는지만 보시면 됩니다.

2. 세액이 계산되는 순서

고지서의 숫자는 아래 순서로 만들어집니다. 각 단계의 숫자를 고지서에서 하나씩 찾아 맞춰 보세요.

1. 공시가격 합계에서 기본공제를 뺍니다. 1세대 1주택자는 12억 원, 그 밖의 개인은 9억 원을 뺍니다(종합부동산세법 제8조제1항). 법인이나 법인으로 보는 단체 중 제9조제2항제3호의 세율이 적용되는 곳은 공제가 0원입니다.
2. 공정시장가액비율을 곱해 과세표준을 구합니다. 법은 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하게 하고(같은 항), 시행령은 2026년 10월 기준 100분의 60으로 정해 두었습니다(같은 법 시행령 제2조의4제1항).
3. 세율을 곱합니다. 2주택 이하이면 과세표준 3억 원 이하는 1천분의 5부터 시작해 구간별로 올라가고, 3주택 이상은 12억 원 초과 구간부터 세율이 더 높습니다(종합부동산세법 제9조제1항).
4. 이미 낸 재산세를 뺍니다. 주택분 재산세로 부과된 세액 중 종합부동산세 과세표준에 해당하는 부분은 종합부동산세액에서 공제합니다(같은 법 제9조제3항, 같은 법 시행령 제4조의3).
5. 1세대 1주택자는 고령자 공제와 장기보유 공제를 뺍니다. 과세기준일 현재 만 60세 이상이면 연령에 따라 20%, 30%, 40%를, 주택을 5년 이상 보유했다면 보유기간에 따라 20%, 40%, 50%를 공제합니다. 두 공제를 합한 공제율은 100분의 80까지입니다(같은 법 제9조제5항·제6항·제8항).
6. 세부담 상한을 확인합니다. 아래 3절에서 설명합니다(같은 법 제10조).

여기에 종합부동산세액의 100분의 20이 농어촌특별세로 함께 고지됩니다(농어촌특별세법 제5조제1항제8호).

숫자로 보면 다음과 같습니다. 만 65세이고 10년 이상 15년 미만 보유한 1세대 1주택자의 공시가격이 15억 원이라고 가정합니다.

재산세 공제액은 실제로는 시행령의 계산식으로 나오므로 위 30만 원은 설명을 위한 가정입니다. 고지서에 적힌 공제액이 이 방식으로 계산됐는지 보시면 됩니다.

3. 세부담 상한 150%

주택에 대한 재산세와 종합부동산세를 합한 세액이 직전 연도의 같은 합계액의 100분의 150을 넘으면, 넘는 부분은 없는 것으로 봅니다(종합부동산세법 제10조). 비교 대상이 되는 직전 연도 세액은 올해 합산 대상 주택을 작년 과세기준일에도 가지고 있었다고 보고 계산합니다(같은 법 시행령 제5조제2항). 올해 새로 산 집이 있어도 작년 세액이 그만큼 계산되어 비교된다는 뜻입니다. 고지서의 세액이 작년보다 크게 늘었다면 상한이 적용됐는지, 적용됐다면 줄어든 세액이 얼마인지 세무서에 확인해 보세요. 다만 법인 중 법 제9조제2항제3호의 세율이 적용되는 곳은 이 상한이 적용되지 않는 예외가 있습니다.

4. 9월에 신청했어야 하는 것들

고지서에 이런 사항이 반영되지 않았다면 대개 신청 시기를 놓친 경우입니다. 모두 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 관할 세무서장에게 신청하거나 신고해야 합니다. 다만 일시적 2주택, 상속주택, 지방 저가주택으로 1세대 1주택자 적용을 신청한 경우는 최초 신청한 다음 해부터 신청 사항에 변동이 없으면 다시 신청하지 않아도 됩니다(종합부동산세법 시행령 제4조의2제5항).

• 공동명의 1주택자 특례: 부부가 공동으로 1주택만 가지고 있고 다른 주택이 없는 경우 등에 1세대 1주택자로 계산하는 특례입니다(종합부동산세법 제10조의2).
• 일시적 2주택, 상속주택, 지방 저가주택 특례: 1주택을 팔기 전에 다른 주택을 샀거나, 상속받은 주택, 일정한 지방 저가주택이 있어도 1세대 1주택자로 보는 특례입니다(같은 법 제8조제4항·제5항).
• 합산배제 주택: 임대주택 등 과세표준 합산에서 빼는 주택의 보유현황 신고입니다(같은 법 제8조제2항·제3항).

특례에는 요건이 따로 있습니다. 예를 들어 지방 저가주택은 수도권 밖 일정 지역(수도권 중 서울을 뺀 인구감소지역이면서 접경지역인 곳으로 재정경제부령이 정하는 지역도 포함)에 있고 공시가격이 4억 원 이하여야 하며(같은 법 시행령 제4조의2제3항), 1주택을 가진 사람이 그 저가주택을 함께 소유할 때 적용됩니다. 국세청 실수사례에는 배우자가 지방 저가주택을 따로 사서 특례를 받지 못한 경우가 있는데, 그 사례의 금액 기준(3억 원)은 2026년 10월 현재 시행령(4억 원)과 다르니 숫자는 현행 시행령으로 보셔야 합니다. 올해 신청 기한이 이미 지났다면 구제 방법이 있는지는 사안마다 달라서 세무서나 세무사에게 확인하시기 바랍니다.

5. 낼 때: 기간, 분납, 납부유예

법이 정한 납부기간은 12월 1일부터 12월 15일까지입니다(종합부동산세법 제16조제1항). 고지서에 적힌 기한까지 내지 않으면 납부지연가산세가 붙습니다(국세기본법 제47조의4).

분납: 낼 세액이 250만 원을 넘으면 납부기한이 지난 날부터 6개월 이내에 나눠 낼 수 있습니다(종합부동산세법 제20조). 분납할 수 있는 금액은 세액이 250만 원 초과 500만 원 이하이면 250만 원을 뺀 금액, 500만 원을 넘으면 세액의 100분의 50 이하입니다(같은 법 시행령 제16조제1항). 가상으로 세액이 800만 원이면 최대 400만 원을 분납에 돌릴 수 있습니다. 납부기한까지 분납 신청서를 내면 세무서가 고지서를 기한 내 납부분과 분납분으로 나눠 다시 보내 줍니다(같은 법 시행령 제16조제2항·제3항).

납부유예: 아래 요건을 모두 갖추면 주택분 종합부동산세 납부를 미룰 수 있습니다(종합부동산세법 제20조의2제1항).

• 과세기준일 현재 1세대 1주택자(공동명의 1주택자 포함)일 것
• 과세기준일 현재 만 60세 이상이거나 해당 주택을 5년 이상 보유하고 있을 것
• 직전 과세기간의 총급여액이 7천만 원 이하이거나(근로소득만 있는 경우 등), 종합소득금액이 6천만 원 이하일 것
• 해당 연도의 주택분 종합부동산세액이 100만 원을 넘을 것

납부기한 만료 3일 전까지 신청해야 하고, 유예할 세액에 상당하는 담보를 내야 합니다. 유예를 받았다가 주택을 양도·증여하거나 사망해 상속이 시작되면 허가가 취소되어 유예받은 세액과 이자상당가산액을 내야 합니다(종합부동산세법 제20조의2제3항·제5항). 이자는 국세환급가산금 이자율로 계산하며(같은 법 시행령 제16조의2제3항, 국세기본법 시행령 제43조의3제2항), 2026년 10월 현재 연 1천분의 31입니다(국세기본법 시행규칙 제19조의3). 유예를 허가받은 기간에는 납부지연가산세를 부과하지 않습니다(종합부동산세법 제20조의2제6항).

6. 고지서를 받은 날 확인 순서

1. 6월 1일 현재 소유 주택 수와 소유자가 맞는지 봅니다.
2. 공시가격 합계와 기본공제(12억 원 또는 9억 원)를 확인합니다.
3. 재산세 공제가 반영됐는지 봅니다.
4. 1세대 1주택자라면 고령자 공제와 장기보유 공제가 들어갔는지 봅니다.
5. 세부담 상한이 적용되는 구간인지 봅니다.
6. 9월에 신청한 특례나 합산배제가 반영됐는지 봅니다.
7. 12월 15일까지 한 번에 낼지, 분납이나 납부유예를 신청할지 정합니다.

개별 사안은 사실관계에 따라 달라질 수 있습니다.

궁금한 점은 이 사이트의 「상담 신청」이나 메일(cpa@taxhong.com)로 편하게 문의해 주세요.

자주 묻는 질문

종합부동산세 고지서는 언제 나오고 언제까지 내야 하나요?

관할 세무서장이 해당 연도 12월 1일부터 12월 15일까지를 납부기간으로 정해 부과·징수하고, 고지서는 납부기간 개시 5일 전까지 발급합니다(종합부동산세법 제16조제1항·제2항). 고지를 기다리지 않고 직접 과세표준과 세액을 신고해 내는 신고납부 방식을 고를 수도 있습니다(같은 법 제16조제3항).

한꺼번에 낼 돈이 부족하면 나눠 낼 수 있나요?

낼 세액이 250만 원을 넘으면 납부기한이 지난 날부터 6개월 이내에 일부를 분납할 수 있습니다(종합부동산세법 제20조). 세액이 250만 원 초과 500만 원 이하이면 250만 원을 뺀 금액, 500만 원을 넘으면 그 세액의 50% 이하 금액까지 나눌 수 있고, 납부기한까지 신청서를 내야 합니다(같은 법 시행령 제16조제1항·제2항). 일정 요건을 갖춘 1세대 1주택자는 납부유예도 신청할 수 있습니다(같은 법 제20조의2).

6월 2일에 집을 팔았는데 왜 그해 종합부동산세가 나오나요?

종합부동산세의 과세기준일은 재산세와 같은 6월 1일이고(종합부동산세법 제3조, 지방세법 제114조), 그날 주택분 재산세의 납세의무자였던 사람이 종합부동산세를 냅니다(종합부동산세법 제7조제1항). 6월 2일 이후에 팔았다면 그해 세금은 판 사람의 몫입니다.