재개발로 받은 새 아파트를 팔 때 양도세는 어떻게 계산하나? 토지만 내고 원조합원이 된 경우의 실제 판단

재개발·재건축 조합원이 받은 새 아파트를 팔 때 양도세 계산은 일반 아파트와 완전히 다릅니다. 성종회계에서 최근 마무리한 신고 한 건이 바로 이 경우였는데, 계산식 자체보다 "이 계산식을 쓰는 게 맞느냐"를 확인하는 데 시간이 더 걸렸습니다. 재개발 구역에 땅이나 집을 갖고 계신 대표님·사장님이라면 미리 알아 두시면 좋을 내용이라, 오늘은 그 판단 과정을 순서대로 적어 보겠습니다.

아래는 실제 사례를 바탕으로 했고, 지역·구역·금액·날짜는 빼거나 가상으로 바꿨습니다. 개별 사안은 관리처분계획 내용과 사실관계에 따라 결론이 달라질 수 있으니 참고용으로 봐 주세요.

1. 어떤 상황이었나

의뢰인은 오래전에 사 둔 땅이 재개발 구역에 들어가면서 원조합원이 되었습니다. 조합에 낸 것은 건물 없는 토지뿐이었고, 관리처분계획에서 정한 권리가액보다 새 아파트 분양가가 높아서 차액을 청산금으로 냈습니다. 준공 뒤 그 아파트를 팔았는데, 1세대1주택 비과세 대상은 아니었습니다.

토지를 산 지가 워낙 오래돼서 당시 매매계약서가 남아 있지 않았습니다. 실제 취득가액을 확인할 수 없는 상태였죠.

2. 계산식은 시행령 제166조제2항: 「기존건물분」과 「청산금납부분」으로 나눕니다

재개발 신축주택을 양도할 때 양도차익은 소득세법 시행령 제166조제2항이 정한 산식으로 계산합니다. 청산금을 납부한 경우 두 단계를 거칩니다.

먼저 제1항제1호의 정의대로 두 가지를 구합니다.

• 관리처분계획등 인가 후 양도차익 : 양도가액에서 기존 부동산 평가액과 납부한 청산금, 필요경비를 뺀 부분
• 관리처분계획등 인가 전 양도차익 : 기존 부동산 평가액에서 기존 부동산 취득가액과 필요경비를 뺀 부분

그다음 제2항제1호가 이것을 다시 나눕니다.

• 청산금납부분 양도차익 : 인가 후 양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존 부동산 평가액 + 납부한 청산금)
• 기존건물분 양도차익 : 인가 후 양도차익 × 기존 부동산 평가액 ÷ (기존 부동산 평가액 + 납부한 청산금) + 인가 전 양도차익

여기서 기존 부동산 평가액은 관리처분계획에서 정한 가격이고, 그 가격이 변경되면 변경된 가격을 씁니다(시행령 제166조제4항제1호). 이 산식은 법령 원문에 그림으로만 실려 있어서, 신고 전에 원문 화면으로 한 번 더 확인합니다.

3. 첫 번째 쟁점: 토지만 냈는데 이 조문을 써도 되나

원문을 그대로 놓고 보면 걸리는 데가 있습니다.

• 시행령 제166조제1항(조합원입주권을 파는 경우)은 "기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)"이라고 괄호로 토지만 낸 경우를 넣어 두었습니다.
• 그런데 제2항(완공된 신축주택을 파는 경우)에는 "기존건물과 그 부수토지를 제공하고"까지만 있고 그 괄호가 없습니다.

글자대로만 읽으면 토지만 낸 원조합원은 제2항 밖이라는 주장도 가능합니다. 그러면 일반 양도처럼 계산해야 하느냐는 문제가 생기고, 장기보유특별공제 기간이나 취득가액 계산이 통째로 달라집니다.

이 건은 국세청 상담 창구에 사실관계를 정리해 질의했고, 종전 자산이 토지뿐이어도 제2항을 적용해 인가 전·후로 나눠 계산하는 것이 맞다는 안내를 받아 그 방향으로 신고했습니다. 다만 전화 상담 안내는 법적 구속력이 있는 해석이 아니어서, 상담 일시와 질의 문안을 신고 자료에 함께 남겨 두었습니다. 같은 상황이라면 신고 전에 서면질의나 사전답변 신청으로 제2항 적용 여부를 확인해 두는 것이 안전합니다.

4. 두 번째 쟁점: 인가일은 최초 인가일인가, 변경 인가일인가

이 구역은 관리처분계획이 한 번 인가된 뒤 변경 인가가 있었습니다. 인가일이 언제냐에 따라 인가 전·후 양도차익의 경계와 장기보유특별공제 기간이 달라집니다.

국세청 해석은 최초 인가일입니다. 조합원입주권 양도 사안이지만 서면-2019-부동산-0192는 장기보유특별공제를 계산할 때 시행령 제166조의 관리처분계획인가일은 최초 인가일이라고 답했고, 사전-2020-법령해석재산-0612도 최초 인가가 무효·취소되지 않았다면 변경인가가 있어도 최초 인가일에 입주권을 취득한 것으로 본다고 했습니다. 이 사례도 최초 인가가 그대로 살아 있었으므로 최초 인가일을 썼습니다.

5. 세 번째: 장기보유특별공제 기간은 두 개입니다

시행령 제166조제5항제2호는 신축주택 양도 시 공제 기간을 둘로 나눕니다.

• 기존건물분 양도차익(나목) : 기존 부동산 취득일부터 신축주택 양도일까지
• 청산금납부분 양도차익(가목) : 관리처분계획등 인가일부터 신축주택 양도일까지

이 사례는 토지를 오래 갖고 있었기 때문에 기존건물분은 공제율이 상한까지 올라갔고, 청산금납부분은 인가일부터만 세서 공제율이 훨씬 낮았습니다. 한 장의 계산서 안에 공제율이 두 개 들어가는 셈입니다.

6. 네 번째: 옛날 땅의 취득가액과 놓치기 쉬운 개산공제

실제 취득가액을 확인할 수 없을 때는 시행령 제166조제3항 산식으로 기존 부동산 취득가액을 계산합니다. 기존 부동산 평가액에 「취득일 현재 기준시가 ÷ 관리처분계획등 인가일 현재 기준시가」를 곱하는 방식입니다. 분모가 양도일이 아니라 인가일 기준시가라는 점을 자주 헷갈립니다.

토지를 1990년 8월 30일 전에 취득했다면 취득 당시 개별공시지가가 없어서, 시행령 제164조제4항의 산식(1990년 1월 1일 기준 개별공시지가에 취득 당시 시가표준액을 곱하고, 1990년 8월 30일 현재 시가표준액과 그 직전에 결정된 시가표준액의 평균으로 나누는 방식)으로 취득일 기준시가를 다시 만들어야 합니다. 여기서 시가표준액은 법률 제4995호로 개정되기 전 지방세법상 시가표준액입니다. 이 산식의 분모를 잘못 넣기 쉬우니 원문과 꼭 대조하세요.

또 하나, 취득가액을 이렇게 환산했다면 필요경비 개산공제(취득 당시 기준시가의 3%, 시행령 제163조제6항)를 넣어야 합니다. 실제 경비 영수증이 없다고 필요경비를 0으로 두면 안 됩니다.

7. 정리하면서 남는 말

재개발 신축주택 양도는 계산식이 길어서 숫자 실수가 잘 생기지만, 실제로 결론을 가르는 건 "토지만 냈는데 이 조문이 맞나", "인가일은 언제인가", "기간을 어디서부터 세나" 같은 입구의 판단입니다. 조합에서 받은 관리처분계획서, 청산금 납부확인서, 옛 토지대장은 신고 때까지 꼭 챙겨 두세요.

궁금한 점은 이 사이트의 「상담 신청」이나 메일(cpa@taxhong.com)로 편하게 문의해 주세요.

자주 묻는 질문

재개발로 받은 신축 아파트를 팔면 양도차익을 어떻게 계산하나요?

청산금을 납부했다면 먼저 관리처분계획등 인가 전·후 양도차익을 구한 뒤, 이를 「기존건물분 양도차익」과 「청산금납부분 양도차익」으로 나눠 계산합니다(소득세법 시행령 제166조제1항제1호, 제2항제1호).

장기보유특별공제 기간은 언제부터 세나요?

기존건물분 양도차익은 기존 부동산 취득일부터 신축주택 양도일까지, 청산금납부분 양도차익은 관리처분계획등 인가일부터 양도일까지입니다(시행령 제166조제5항제2호 가목·나목).

관리처분계획이 변경인가된 경우 인가일은 언제로 보나요?

국세청은 조합원입주권 양도 사안에서 최초 관리처분계획인가일로 보았습니다(서면-2019-부동산-0192, 사전-2020-법령해석재산-0612). 신축주택을 양도하는 경우도 같은 방향으로 보는 것이 일반적이지만, 최초 인가가 무효·취소된 경우는 다릅니다.