등록임대 아파트 가진 다주택자, 2027년 12월 31일을 기억하세요 — 중과 배제 양도 기한 신설

2026년 5월 10일 이후 조정대상지역 주택을 파는 다주택자에게는 양도세 중과와 장기보유특별공제 배제가 다시 적용되고 있습니다. 이때 많은 분들이 기대는 것이 등록 임대주택의 중과 배제입니다. 그런데 2026년 10월 1일부터 시행된 소득세법 시행령 개정으로, 등록임대 아파트는 이 배제를 받을 수 있는 양도 기한이 새로 정해졌습니다. 원칙은 2027년 12월 31일입니다. 누가 대상인지, 기한은 어떻게 계산하는지 조문 기준으로 풀어 보겠습니다. 개별 사안은 등록 내용과 사실관계에 따라 달라질 수 있습니다.

1. 배경: 다주택 중과와 장기임대주택

조정대상지역에 있는 주택을 1세대 2주택 이상인 상태에서 양도하면 기본세율에 20%p(2주택), 30%p(3주택 이상)를 더한 세율이 적용됩니다(소득세법 제104조제7항). 이런 주택은 장기보유특별공제도 받지 못합니다(같은 법 제95조제2항).

다만 요건을 갖춘 장기임대주택은 중과 대상에서 빠집니다. 3주택 이상 중과의 제외 주택을 정한 소득세법 시행령 제167조의3제1항제2호가 기본이고, 2주택 중과(같은 영 제167조의10), 주택과 조합원입주권·분양권을 함께 가진 경우(같은 영 제167조의4, 제167조의11)도 모두 이 「제167조의3제1항제2호」를 그대로 끌어다 씁니다. 그래서 이번 개정은 2주택자에게도 똑같이 영향을 줍니다.

2. 무엇이 바뀌었나: 아파트 매입임대에 양도 기한

2026년 9월 30일 개정(대통령령 제36737호)으로 제167조의3제1항제2호의 여러 목에 같은 취지의 문장이 들어갔습니다. 라목 8)의 문구는 이렇습니다.

종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택인 경우에는 제11항에 따른 기한까지 양도할 것.

이 문장이 붙은 곳은 다음과 같습니다.

• 가목 2) : 2018년 3월 31일까지 등록한 매입임대주택(5년 이상 임대, 임대개시 당시 기준시가 6억 원·수도권 밖 3억 원 이하 등)
• 나목 2) : 2003년 10월 29일 이전 등록 매입임대주택
• 라목 8) : 수도권 밖 미분양 매입임대주택
• 마목 4) : 장기일반민간임대주택으로 10년 이상 임대한 매입임대주택, 기한이 지난 뒤 양도하면 중과 배제에서 제외
• 제3호 후단 : 조세특례제한법 제97조·제97조의2·제98조로 감면받는 장기임대주택

정리하면 매입임대 + 아파트 + 종전 장기일반 또는 단기 유형이면 이번 기한의 대상입니다. 도시형 생활주택인 아파트는 대상에서 빠집니다. 건설임대주택(다목·바목)이나 아파트가 아닌 매입임대(다세대·오피스텔 등)는 이 문장이 붙지 않았습니다.

3. 기한 계산: 원칙 2027년 말, 예외 세 가지

새로 생긴 제167조의3제11항이 기한을 정합니다. 원칙은 2027년 12월 31일입니다. 다만 해당 주택이 아래 중 하나에 해당하면 2027년 12월 31일과 그 호에서 정한 날 중 늦은 날이 기한입니다.

1. 임대의무기간이 2027년 1월 1일 이후 끝나는 주택 : 임대의무기간이 끝나 등록이 말소되는 날부터 1년이 되는 날
2. 2027년 1월 1일 이후 새로 조정대상지역으로 지정된 지역의 주택(2026년 12월 31일 현재 이미 조정대상지역인 곳은 제외) : 조정대상지역 공고일부터 1년이 되는 날
3. 2027년 12월 31일(또는 1·2호 기한) 전에 정비사업 인가·지정이 있는 주택 : 재건축 조합설립인가, 재개발 관리처분계획인가, 가로주택·소규모 재건축·재개발 조합설립인가 등이 있으면 이전고시일부터 1년이 되는 날. 협의·수용재결·매도청구소송으로 넘어가는 경우에는 기한 안에 양도한 것으로 봅니다.

예를 들어(가상 예시) 임대의무기간이 2028년 6월에 끝나 그날 등록이 말소되는 아파트라면, 1년 뒤인 2029년 6월이 2027년 12월 31일보다 늦으므로 2029년 6월이 기한입니다. 반대로 임대의무기간이 이미 끝나 2025년에 자동말소된 아파트라면 다른 중과 배제 요건을 갖췄더라도 예외에는 해당하지 않아 2027년 12월 31일까지 팔아야 중과를 피할 수 있습니다.

4. 거주주택 비과세 특례는 어떻게 되나

장기임대주택을 가진 1세대가 거주주택을 팔 때 받는 비과세 특례(같은 영 제155조제20항)도 「제167조의3제1항제2호에 따른 주택」을 장기임대주택으로 봅니다. 이번 개정에서 등록이 말소된 장기임대주택에 대한 특례(같은 조 제23항)에는 가목2)·라목8)·마목4)의 요건을 적용하지 않는다는 문구가 들어갔습니다. 말소 뒤 5년 안에 거주주택을 파는 경우에는 이번 아파트 양도 기한을 따지지 않는다는 뜻입니다.

반면 제20항 본문에는 그런 명시가 없어, 말소되지 않은 장기임대주택과 함께 거주주택을 파는 경우에 이 기한이 어떻게 적용되는지는 조문만으로 분명하지 않습니다. 해당되는 분은 과세관청 해석을 확인하고 진행하시길 권합니다.

5. 적용 시기

이번 개정령은 2026년 10월 1일부터 시행됐고, 부칙에는 일시적 2주택 처분기한(같은 영 제155조제1항)에 관한 적용례만 있습니다. 장기임대주택 양도 기한에 관한 경과 규정은 따로 없으므로, 2026년 10월 1일 이후 양도하는 주택은 바뀐 문구를 기준으로 판단하게 됩니다.

6. 지금 해 둘 일

1. 임대주택 목록 만들기 : 주소, 주택 유형(아파트 여부, 도시형 생활주택 여부), 매입·건설 구분
2. 등록 유형 확인 : 장기일반인지 단기인지, 임대사업자 등록일과 세무서 사업자등록일
3. 임대의무기간 종료일·말소일 확인 : 자동말소인지, 자진말소인지
4. 정비사업 단계 확인 : 조합설립인가·관리처분계획인가 여부
5. 조정대상지역 여부 확인 : 취득 당시와 양도 당시 모두
6. 주택별 기한을 계산해 처분 순서 정하기 : 기한이 이른 주택부터, 일반주택·거주주택 양도 순서와 함께

등록임대 아파트는 그동안 「등록만 해 두면 중과는 걱정 없다」고 생각하기 쉬웠습니다. 이제는 언제까지 팔아야 하는지가 세금을 가르는 요건이 됐습니다. 2027년 말은 생각보다 가깝습니다. 매도에는 세입자 명도와 매수인 찾기에 시간이 걸리니, 지금부터 주택별 기한을 계산해 두시길 권합니다. 개별 사안은 등록 내용과 사실관계에 따라 결론이 달라질 수 있습니다.

궁금한 점은 이 사이트의 「상담 신청」이나 메일(kicpa1658@gmail.com)로 편하게 문의해 주세요.

자주 묻는 질문

어떤 임대주택이 2027년 12월 31일 기한의 대상인가요?

종전 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택, 또는 단기민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택입니다. 도시형 생활주택인 아파트는 빠집니다(소득세법 시행령 제167조의3제1항제2호가목2) 등, 제11항).

임대의무기간이 아직 남아 있으면 어떻게 되나요?

임대의무기간이 2027년 1월 1일 이후 끝나는 주택은 임대주택 등록이 말소되는 날부터 1년이 되는 날과 2027년 12월 31일 중 늦은 날이 기한입니다(같은 영 제167조의3제11항제1호).

기한을 넘겨 팔면 어떻게 되나요?

그 주택은 중과 배제 대상인 장기임대주택에서 빠집니다. 조정대상지역 주택이면 다주택 중과세율(기본세율에 20%p 또는 30%p 가산, 소득세법 제104조제7항)과 장기보유특별공제 배제(같은 법 제95조제2항)를 적용받을 수 있습니다.