연도 중에 퇴사하거나 이직했다면 연말정산과 5월 신고는 어떻게 하나요?

회사를 옮기거나 쉬었다가 다시 취직한 해에는 연말정산이 평소와 달라집니다. 상담을 하다 보면 새 회사에서 정산했으니 끝난 줄 알았는데 종전 회사 급여가 빠져 있었던 경우를 자주 봅니다. 연도 중에 직장을 옮겼거나 옮길 계획이 있다면 어떤 서류를 언제 챙겨야 하는지부터 확인해 보겠습니다. 소득세법(시행 2026.07.01) 원문을 기준으로 보고, 한국공인회계사회 「이달의 세무가이드」 2026년 1월호(2025년 귀속 연말정산 안내)도 참고하시기 바랍니다. 법령은 작성일(2026년 10월 11일) 기준입니다.

사례와 금액은 가상 수치이고, 개별 사안은 사실관계에 따라 달라질 수 있습니다.

1. 상황부터 구분하세요

같은 해에 일어난 일이 무엇이냐에 따라 연말정산을 누가 하는지, 내가 할 일이 무엇인지가 달라집니다.

2. 퇴사하는 달에 해 둘 일

연중에 퇴직하면 회사는 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때 퇴직하는 날까지의 근로소득으로 연말정산을 합니다(소득세법 제137조제1항). 세금을 정산한 결과 이미 낸 세금이 많으면 환급받고(소득세법 제137조제2항), 부족하면 추가로 원천징수합니다.

중요한 것은 공제신고서입니다. 공제를 받으려면 퇴직한 달의 근로소득을 받기 전에 회사에 근로소득자 소득·세액 공제신고서를 내야 합니다(같은 법 제140조제1항). 이 서류를 내지 않으면 본인에 대한 기본공제와 표준세액공제만 적용됩니다(같은 법 제137조제3항). 퇴사 일정이 정해지면 부양가족과 의료비·보험료·교육비 자료를 퇴사하는 달 급여일 전에 회사에 넘기십시오.

회사는 퇴직한 날이 속하는 달의 근로소득 지급일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 원천징수영수증을 발급해야 합니다(같은 법 제143조제1항). 곧바로 이직한다면 이 영수증이 새 회사에 낼 서류이므로 받았는지 꼭 확인하세요.

퇴직금은 근로소득이 아니라 퇴직소득이라 종합소득과 구분해 따로 과세표준을 계산합니다(같은 법 제14조제1항). 그래서 퇴직금이 연말정산 대상 근로소득에 합산되지는 않습니다.

3. 같은 해에 이직했다면: 종전 급여를 새 회사로

같은 해 중도에 퇴직하고 새 회사에 취직한 근로자가 종전 근무지에서 그해 1월부터 퇴직한 달까지 받은 근로소득을 포함해 공제신고서를 내면, 새 회사는 두 곳의 급여를 더해 연말정산합니다(소득세법 제138조제1항). 한국공인회계사회 안내도 재취직한 경우 현 근무지의 원천징수의무자가 종전 근무지분을 합산하며, 전 근무지의 기납부세액은 전 근무지 원천징수영수증에 적힌 결정세액으로 본다고 설명합니다.

가상 사례입니다. 직장인 A씨는 1월부터 3월까지 종전 회사에서 1,200만 원을 받고 3월 말에 퇴사했습니다. 4월부터 6월까지 쉬다가 7월에 새 회사에 입사해 12월까지 3,000만 원을 받았습니다. 새 회사에 종전 회사의 원천징수영수증을 내면 새 회사는 두 곳의 급여 4,200만 원을 합쳐 다음 해 2월분 급여를 줄 때 정산합니다. 영수증을 내지 않으면 새 회사는 3,000만 원만 정산하고 종전 급여 1,200만 원은 빠집니다.

두 곳에서 동시에 근무하는 경우에는 종된 근무지에 영수증 발급을 요청할 수 있고, 종된 근무지는 지체 없이 발급해야 합니다(같은 법 제143조제2항).

4. 합산하지 않았다면 5월에 직접 신고

근로소득만 있는 사람은 연말정산으로 납세의무가 끝나 5월 확정신고를 하지 않아도 됩니다(소득세법 제73조제1항제1호). 하지만 두 곳 이상에서 근로소득을 받은 사람은 이 예외가 적용되지 않습니다. 다만 제137조의2나 제138조에 따라 합산 연말정산을 받은 경우는 신고하지 않아도 됩니다(같은 법 제73조제2항). 또 원천징수의무자가 연말정산을 하지 않은 경우에도 신고 예외가 적용되지 않습니다(소득세법 제73조제4항).

따라서 합산 정산을 받지 못했다면 다음 해 5월 1일부터 5월 31일까지 종합소득 과세표준 확정신고를 해야 합니다(같은 법 제70조제1항). 신고하지 않으면 무신고가산세와 납부지연가산세가 붙을 수 있습니다(국세기본법 제47조의2, 제47조의4). 한국공인회계사회 안내에는 합산하지 않은 경우 무신고가산세를 적용한 심판 결정례도 소개되어 있습니다.

5월에 신고할 때는 두 회사의 원천징수영수증, 부양가족과 공제 증빙을 모아 두 곳 급여를 합쳐 계산합니다. 그해 놓친 공제가 있는 경우의 경정청구는 「연말정산에서 자주 놓치는 공제」 글에서 다뤘으니 참고하세요.

5. 쉬었던 기간에 쓴 돈은 공제될까

연도 중에 입사하거나 퇴사한 사람은 근로를 제공한 기간에 쓴 돈만 공제되는 항목이 있습니다. 한국공인회계사회 2025년 귀속 연말정산 안내는 이렇게 나눕니다.

위 사례의 A씨가 4월부터 6월까지 쉬는 동안 쓴 신용카드나 의료비는 공제 대상이 아니고, 같은 기간에 낸 연금저축 납입액은 공제 대상입니다. 이 구분은 2025년 귀속 안내에 근거한 것이므로 그 뒤 귀속분은 해당 연도 연말정산 안내로 다시 확인하세요.

기본공제는 근로 기간과 상관없이 연 단위로 1명당 150만 원씩 계산합니다(소득세법 제50조제1항). 부양가족의 소득 요건도 1년 전체 소득을 기준으로 봅니다. 배우자가 연도 중에 퇴사했다면 퇴사 전 급여까지 합친 총급여액이 500만 원 이하이고 다른 소득이 없다면 기본공제 대상이 될 수 있습니다(소득세법 제50조제1항제2호). 퇴직금 같은 다른 소득이 있으면 소득금액 합계 100만 원 이하 요건으로 따져야 하므로 개별 확인이 필요합니다.

6. 지금 해 두면 좋은 일

1. 연내에 이직할 계획이 있다면 종전 회사에서 원천징수영수증을 받을 수 있는 시기를 퇴사 전에 인사 담당자에게 확인합니다.
2. 퇴사하는 달 급여일 전에 공제신고서와 증빙을 회사에 냅니다.
3. 새 회사에 입사하면 연말정산 시기에 종전 영수증을 제출합니다.
4. 쉬는 기간이 있었다면 그 기간의 카드·의료비·교육비는 공제 대상이 아닐 수 있음을 감안해 영수증을 정리합니다.
5. 합산 정산을 받지 못했다면 다음 해 5월 31일까지 확정신고를 준비합니다.

개별 사안은 사실관계에 따라 달라질 수 있습니다.

궁금한 점은 이 사이트의 「상담 신청」이나 메일(cpa@taxhong.com)로 편하게 문의해 주세요.

자주 묻는 질문

연도 중에 퇴사하면 연말정산은 언제 하나요?

회사가 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때 연말정산을 합니다(소득세법 제137조제1항). 공제를 받으려면 퇴직하는 달 급여를 받기 전에 회사에 근로소득자 소득·세액 공제신고서를 내야 하고(같은 법 제140조제1항), 신고서를 내지 않으면 본인 기본공제와 표준세액공제만 적용됩니다(같은 법 제137조제3항).

같은 해에 이직했다면 종전 회사 급여는 어떻게 처리하나요?

새 회사에 종전 회사의 근로소득을 포함해 공제신고서를 내면 새 회사가 두 회사 급여를 합쳐 연말정산합니다(소득세법 제138조제1항). 종전 회사는 퇴직한 날이 속하는 달 급여 지급일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 원천징수영수증을 발급해야 하니 미리 받아 두세요(같은 법 제143조제1항).

이직했는데 합산해서 연말정산하지 않았다면 5월에 신고해야 하나요?

두 곳 이상에서 근로소득을 받았는데 합산 연말정산을 받지 않았다면 다음 해 5월 1일부터 5월 31일까지 종합소득세 확정신고를 해야 합니다(소득세법 제70조제1항, 제73조제2항). 신고하지 않으면 가산세가 붙을 수 있습니다.