연차수당을 아직 안 줬는데 결산에 비용으로 잡았다면, 세법상 손금은 언제 인정되나요?

연말 결산에서 직원들의 미사용 연차를 어떻게 처리할지 고민해 본 적이 있으실 겁니다. 회계에서는 앞으로 지급해야 할 가능성이 큰 금액을 비용과 부채로 잡는 경우가 많습니다. 그런데 법인세법은 비용을 인정하는 시기를 따로 정하고 있어서, 장부에 잡은 해와 세금 계산에서 비용이 되는 해가 달라질 수 있습니다.

이 글은 성종회계에서 법인 결산과 세무조정을 하며 자주 받는 질문을 바탕으로 정리했습니다. 숫자는 모두 가상 수치이고, 개별 사안은 취업규칙과 근로계약, 지급 약정 같은 사실관계에 따라 달라질 수 있습니다. 근거는 법인세법(시행 2026.07.01), 같은 법 시행령(시행 2026.10.01)과 시행규칙(시행 2026.07.01), 근로기준법(시행 2026.10.08), 소득세법(시행 2026.07.01) 원문입니다.

1. 손금은 확정된 날이 속하는 사업연도에 잡습니다

법인세법 제40조제1항은 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도를 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 합니다. 시행령 제68조부터 제71조는 상품 판매, 용역 제공, 이자, 임대료처럼 유형별 귀속시기를 따로 정하고, 거기에 없는 항목은 시행령 제71조제7항에 따라 시행규칙 제36조가 같은 원칙을 적용합니다. 이 규칙은 별도 규정이 없는 손익의 귀속사업연도를 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 정합니다.

인건비는 시행령 제19조제3호에서 손비의 한 종류로 열거됩니다. 그러니 직원에게 줄 연차수당이 손금이 되는 것 자체는 문제가 없고, 쟁점은 어느 사업연도에 인정하느냐입니다.

2. 회계의 발생주의와 달라지는 곳

이자와 임대료는 예외가 있습니다. 시행령 제70조제1항제2호 단서는 결산을 확정할 때 이미 경과한 기간에 대응하는 이자를 해당 사업연도의 손비로 계상하면 그 사업연도의 손금으로 인정하고(차입일부터 이자지급일이 1년을 넘는 특수관계인 거래의 이자는 제외), 시행령 제71조제1항 단서는 임대료에 대해 비슷한 취지로 정합니다. 반면 연차수당 같은 인건비에는 이런 경과분 계상 특례가 보이지 않습니다.

충당금도 마찬가지입니다. 법인세법은 고유목적사업준비금, 책임준비금, 퇴직급여충당금, 대손충당금 등 일부 항목에 한해 결산에서 계상한 금액의 손금산입을 인정하고 조세특례제한법에도 별도의 준비금이 있지만, 연차수당 충당부채를 손금으로 인정하는 조문은 어디에도 없습니다. 퇴직급여충당금처럼 결산에서 쌓으면 한도 안에서 손금이 되는 구조가 아니라는 뜻입니다.

3. 무엇이 확정이냐: 지급 의무와 금액

그렇다면 연차수당은 언제 확정될까요. 근로기준법은 다음처럼 정합니다.

• 사용자는 1년간 80퍼센트 이상 출근한 근로자에게 15일의 유급휴가를 주고(제60조제1항), 3년 이상 계속 근로한 근로자에게는 최초 1년을 넘는 계속 근로 연수 2년마다 1일을 가산하되 총 25일을 한도로 합니다(같은 조 제4항).
• 휴가는 1년간 행사하지 않으면 소멸하지만, 사용자의 귀책사유로 사용하지 못한 경우에는 소멸하지 않습니다(같은 조 제7항).
• 사용자가 제61조의 사용 촉진 조치를 모두 한 뒤에도 근로자가 쓰지 않아 소멸하면 그 휴가에 대해 보상할 의무가 없고 귀책사유로도 보지 않습니다(제61조제1항).
• 근로자가 퇴직하면 지급 사유가 생긴 때부터 14일 이내에 임금과 그 밖의 금품을 지급해야 합니다(제36조). 다만 특별한 사정이 있으면 당사자 합의로 지급 기일을 연장할 수 있습니다(같은 조 단서).

세법의 관점에서 이를 읽으면, 결산일 현재 지급할 의무가 있고 금액이 정해졌는지가 기준입니다. 같은 연차수당이라도 상황에 따라 결론이 갈립니다.

• 사용 촉진 조치를 모두 했는데도 근로자가 쓰지 않아 휴가가 소멸했다면 보상할 의무가 없으므로(제61조제1항), 계상한 금액이 실제 지급 의무에서 나온 것인지부터 따져야 합니다.
• 취업규칙이나 근로계약에 미사용 연차를 연말에 정산해 다음 급여 때 지급한다고 정해 두었다면, 지급 대상과 금액이 결산일에 이미 정해졌다고 볼 여지가 큽니다.
• 퇴직자의 미사용 연차를 정산하기로 했다면 퇴직으로 지급 사유가 생긴 사업연도에 확정되었다고 볼 수 있는지 검토합니다.

어느 쪽인지는 회사의 규정과 실제 운영에 달려 있으므로, 규정집과 정산 내역을 함께 확인하는 것이 순서입니다.

4. 가상 숫자로 보는 세무조정

12월 결산 법인이 직원 5명의 미사용 연차 합계 1,200만 원을 올해 말 결산에서 미지급비용으로 계상했다고 가정하겠습니다. 취업규칙상 정산 방식이 분명하지 않아, 올해 말까지는 지급 의무와 금액이 확정되지 않았다고 판단했습니다.

• 올해 세무조정: 계상한 1,200만 원을 손금에 산입하지 않습니다(손금불산입, 유보 1,200만 원). 올해 과세표준은 그만큼 늘어납니다.
• 내년 3월: 정산 방식이 확정되어 1,200만 원을 지급했습니다. 회사 장부에서는 올해 이미 비용으로 잡았기 때문에 내년에는 부채가 줄어들 뿐 비용이 나타나지 않습니다.
• 내년 세무조정: 지급이 확정된 사업연도이므로 1,200만 원을 손금에 산입하고 유보를 추인합니다(손금산입, 유보 △1,200만 원).

결국 비용 인정 시기가 한 해 늦춰질 뿐 금액이 사라지지는 않습니다. 반대로 올해 말에 이미 확정되었다고 판단할 근거가 있다면 올해 손금으로 처리합니다. 판단 근거는 세무조정계산서와 함께 보관해 두는 편이 좋습니다.

5. 원천징수도 같이 확인하세요

연차수당은 근로를 제공함으로써 받는 수당이므로 소득세법 제20조제1항제1호의 근로소득에 해당합니다. 원천징수의무자가 근로소득을 지급하지 않은 채 일정 시점이 지나면 지급한 것으로 보아 원천징수하는 규정이 있습니다.

• 1월부터 11월분 근로소득을 그 과세기간 12월 31일까지 지급하지 않으면 12월 31일에 지급한 것으로 봅니다(소득세법 제135조제1항).
• 12월분 근로소득을 다음 연도 2월 말일까지 지급하지 않으면 2월 말일에 지급한 것으로 봅니다(같은 조 제2항).

연차수당이 어느 달의 근로소득에 해당하는지, 이미 확정된 금액인지에 따라 적용 여부가 달라질 수 있으니 미지급 기간이 길다면 원천징수 시기를 따로 확인하시기 바랍니다.

6. 지배주주와 가족 직원이라면

시행령 제43조제3항은 법인이 지배주주등(특수관계인 포함)인 임원이나 직원에게 정당한 사유 없이 동일 직위의 지배주주등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 넘는 보수를 준 경우 그 초과 금액을 손금에 산입하지 않는다고 정합니다. 대표님 가족이 직원으로 있다면 연차수당 산정 기준이 다른 직원과 같은지도 함께 보시는 것이 좋습니다.

7. 점검 순서

1. 결산에서 연차 관련 미지급비용이나 충당부채를 얼마 계상했는지 확인합니다.
2. 취업규칙, 근로계약, 사용 촉진 서면과 정산 내역으로 지급 의무와 금액이 결산일에 확정되었는지 봅니다.
3. 확정되지 않았다면 손금불산입(유보)하고, 지급 사업연도에 손금산입(△유보)하도록 세무조정 목록을 남깁니다.
4. 미지급 근로소득에 대한 원천징수 시기를 확인합니다.

궁금한 점은 이 사이트의 「상담 신청」이나 메일(cpa@taxhong.com)로 편하게 문의해 주세요.

자주 묻는 질문

연말에 연차수당을 미지급비용으로 계상하면 그 해 세금 계산에서도 비용인가요?

법인세법 제40조제1항은 손금을 그 금액이 확정된 날이 속하는 사업연도에 귀속시킵니다. 결산에 계상했더라도 그 사업연도 말까지 지급 의무와 금액이 확정되지 않았다면 그 해의 손금이 아니고, 확정된 사업연도에 손금이 됩니다. 개별 사안은 취업규칙과 사실관계에 따라 달라질 수 있습니다.

연차수당 충당부채는 퇴직급여충당금처럼 세법이 따로 인정하나요?

법인세법과 조세특례제한법의 준비금·충당금 손금산입 규정 어디에도 연차수당 충당부채를 손금으로 인정하는 조문은 없습니다. 그래서 연차수당은 충당부채로 쌓았다는 이유로 손금이 되는 것이 아니라, 확정된 시점의 인건비로 판단합니다.

확정되기 전에 회사가 계상한 금액은 사라지는 건가요?

사라지지 않고 세무조정으로 관리합니다. 결산에 비용으로 잡은 해에는 손금에 산입하지 않고(유보), 이후 지급 의무와 금액이 확정되어 지급하는 사업연도에 그만큼 손금에 산입해 되돌립니다.