신고한 세금이 틀렸다면 수정신고와 경정청구 중 무엇을 하나요? 기한과 가산세 감면 정리

신고를 마친 뒤에 매출 누락이나 비용 누락을 발견하는 일은 드물지 않습니다. 이때 「수정신고를 해야 하나, 경정청구를 해야 하나」를 헷갈리는 분이 많습니다. 방향이 반대일 뿐 기준은 간단합니다. 이 글은 성종회계에서 신고 뒤 오류를 바로잡는 상담을 하며 자주 설명드리는 내용을 정리했습니다.

사례와 금액은 가상 수치이고, 개별 사안은 사실관계에 따라 달라질 수 있습니다. 근거는 국세기본법(시행 2026.10.02), 같은 법 시행령(시행 2026.07.01) 원문입니다.

1. 방향이 다릅니다

• 세금을 적게 신고했다(수입 누락, 공제 과다, 환급 과다 등): 수정신고. 신고서의 과세표준과 세액이 세법에 따라 신고할 금액에 미치지 못할 때, 결손금액이나 환급세액이 실제보다 많을 때 하는 것입니다(국세기본법 제45조제1항제1호·제2호).
• 세금을 많이 신고했다(비용 누락, 공제 누락, 환급 과소 등): 경정청구. 신고한 과세표준과 세액이 신고할 금액을 초과할 때, 결손금액·세액공제액·환급세액이 신고할 금액에 미치지 못할 때 합니다(제45조의2제1항).

수정신고는 납세자가 신고서를 다시 내는 것이고, 경정청구는 세무서장에게 바로잡아 달라고 청구하는 것입니다. 앞의 것은 세금이 늘고, 뒤의 것은 세금이 줄어서 환급을 받는다는 점이 다릅니다.

2. 수정신고는 언제까지 하나요

과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 사람과 기한 후 신고서를 제출한 사람은, 관할 세무서장이 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지, 그리고 부과제척기간이 끝나기 전까지 수정신고할 수 있습니다(제45조제1항). 부과제척기간은 원칙적으로 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년이고, 신고를 아예 하지 않았으면 7년, 부정행위가 있으면 10년이며 상속세·증여세는 10년 또는 15년입니다(제26조의2).

원천징수의무자가 정산 과정에서 누락한 경우, 세무조정 과정에서 국고보조금이나 공사부담금 상당액을 익금과 손금에 동시에 산입하지 않은 경우처럼 위 두 유형 밖의 불완전 신고도 수정신고 대상입니다(제45조제1항제3호, 시행령 제25조제2항). 다만 경정청구로 할 수 있는 경우는 제외합니다.

3. 가산세는 얼마나 줄까요

법정신고기한까지 신고한 사람이 기한이 지난 후 수정신고하면 과소신고·초과환급신고가산세를 다음처럼 줄여 줍니다(제48조제2항제1호).

• 법정신고기한이 지난 후 1개월 이내: 가산세액의 90%
• 1개월 초과 3개월 이내: 75%
• 3개월 초과 6개월 이내: 50%
• 6개월 초과 1년 이내: 30%
• 1년 초과 1년 6개월 이내: 20%
• 1년 6개월 초과 2년 이내: 10%

수정신고 기한(제척기간 전까지)은 길지만 감면은 2년 안에만 받습니다. 그래서 오류를 알았으면 빨리 하는 편이 유리합니다.

감면을 받지 못하는 경우

경정 또는 결정을 할 것을 미리 알고 수정신고서를 낸 경우는 감면에서 빠집니다. 시행령 제29조는 이를 두 가지로 정합니다.

• 세무공무원이 해당 국세에 관하여 조사에 착수한 것을 알고 수정신고서를 낸 경우
• 관할 세무서장으로부터 과세자료 해명 통지를 받고 수정신고서를 낸 경우

또한 이 감면은 과소신고가산세에만 해당합니다. 부족한 세액에 대해 신고기한 다음 날부터 납부일까지 하루 10만분의 22로 쌓이는 납부지연가산세(국세기본법 제47조의4제1항, 같은 법 시행령 제27조의4제1항)는 줄어들지 않으니, 수정신고와 함께 부족세액을 바로 내는 것이 좋습니다. 납부고지를 받은 뒤 지정납부기한까지 내지 않으면 월 단위로 계산하는 가산세가 따로 붙습니다(국세기본법 제47조의4제1항제1호의2).

4. 경정청구는 5년, 후발적 사유는 3개월

• 일반 청구: 법정신고기한이 지난 후 5년 이내입니다(제45조의2제1항). 세무서가 결정 또는 경정하여 세액이 늘어난 경우에는 그 처분이 있음을 안 날부터 3개월 이내에 청구할 수 있습니다(다만 법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정).
• 후발적 사유: 판결 등으로 최초 신고의 근거가 된 거래나 행위가 다른 것으로 확정되었을 때, 소득의 귀속이 제3자로 바뀌는 결정이 있을 때처럼 신고 이후에 사유가 생기면 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 청구합니다(같은 조 제2항). 계약이 해제권 행사로 해제되었거나 부득이한 사유로 해제·취소된 경우, 관청의 허가나 처분이 취소된 경우도 이에 포함됩니다(시행령 제25조의2).
• 처리: 청구를 받은 세무서장은 2개월 이내에 결정 또는 경정하거나 그럴 이유가 없다고 통지하고, 통지가 없으면 그 2개월이 지난 다음 날부터 이의신청, 심사청구, 심판청구를 할 수 있습니다(같은 조 제3항).
• 환급금에는 국세환급가산금이 붙을 수 있습니다(제52조제1항, 시행령 제43조의3).

청구서에는 결정 또는 경정 전후의 과세표준과 세액, 청구하는 이유 등을 적습니다(시행령 제25조의3제1항).

5. 가상 숫자로 보는 두 사례

사례 1. 수입을 빠뜨린 경우(수정신고): 개인사업자가 종합소득세 확정신고를 마친 뒤 거래처 한 곳의 매출 누락을 발견해, 부족한 세액이 2,000만 원이고 부정행위 없이 단순히 누락한 경우라고 하겠습니다. 과소신고가산세는 10%인 200만 원입니다(국세기본법 제47조의3제1항). 법정신고기한이 지난 후 4개월째(3개월 초과 6개월 이내)에 수정신고하면 50%인 100만 원이 감면되어 가산세는 100만 원이 됩니다. 별도로 납부지연가산세가 붙는데, 신고기한 다음 날부터 약 4개월(120일)이면 2,000만 원 × 22/100,000 × 120일로 약 52만 8,000원입니다. 부족세액과 합쳐 약 2,150만 원입니다.

사례 2. 비용을 빠뜨린 경우(경정청구): 같은 사업자가 신고 후 2년이 지나서 인정 가능한 경비 지출 증빙을 찾았고, 그 때문에 세금을 300만 원 더 낸 것으로 계산됐다고 하겠습니다. 법정신고기한이 지난 후 5년 이내이므로 경정청구가 가능하고, 이유가 인정되면 300만 원이 환급되며 환급가산금이 더해질 수 있습니다. 증빙이 인정될지는 별도로 판단합니다.

6. 기한 후 신고와 예정신고 오류도 같은 구조입니다

법정신고기한까지 신고하지 않은 사람은 관할 세무서장이 결정하여 통지하기 전까지 기한 후 신고를 할 수 있고(제45조의3제1항), 무신고가산세를 법정신고기한이 지난 후 1개월 이내 50%, 3개월 이내 30%, 6개월 이내 20%까지 줄여 줍니다(제48조제2항제2호). 부가가치세처럼 예정신고가 있는 세목에서 예정신고를 과소하게 했더라도 확정신고기한까지 수정하여 신고하면 해당 가산세를 50% 줄여 줍니다(같은 항 제3호다목). 정당한 사유가 있어 의무를 이행하지 못한 경우에는 가산세를 부과하지 않는다는 일반 규정도 있습니다(제48조제1항제2호).

지방소득세와 같은 지방세는 국세와 별도로 신고와 청구를 하는 세목이므로, 국세를 고칠 때 지방세도 따로 고쳐야 하는지 확인하시기 바랍니다.

7. 점검 순서

1. 틀린 방향을 정합니다. 적게 냈으면 수정신고, 많이 냈으면 경정청구입니다.
2. 세무서의 조사 착수나 과세자료 해명 통지를 받았는지 먼저 확인합니다. 받았다면 수정신고 감면이 빠질 수 있습니다.
3. 법정신고기한이 지난 날부터 몇 개월째인지 세어 감면율을 확인합니다.
4. 수정신고서와 함께 부족세액을 바로 납부합니다.
5. 경정청구는 5년 기한과, 후발적 사유라면 알게 된 날부터 3개월을 달력에 표시합니다.
6. 부가가치세나 지방세 등 연동된 신고도 같이 고칠지 확인합니다.

개별 사안은 사실관계에 따라 달라질 수 있습니다.

궁금한 점은 이 사이트의 「상담 신청」이나 메일(cpa@taxhong.com)로 편하게 문의해 주세요.

자주 묻는 질문

세금을 적게 신고한 것을 알았는데 언제까지 수정신고할 수 있나요?

법정신고기한까지 신고서를 낸 사람은 관할 세무서장이 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 국세 부과제척기간이 끝나기 전까지 수정신고할 수 있습니다(국세기본법 제45조제1항, 제26조의2). 법정신고기한이 지난 후 2년 이내에 하면 과소신고가산세의 일부를 감면받습니다(제48조제2항제1호). 개별 사안은 사실관계에 따라 달라질 수 있습니다.

세금을 너무 많이 냈다는 걸 뒤늦게 알았다면요?

법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정을 청구할 수 있습니다(국세기본법 제45조의2제1항). 거래를 해제한 것처럼 신고 이후에 생긴 후발적 사유는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 청구합니다(같은 조 제2항, 시행령 제25조의2).

수정신고하면 납부지연가산세도 줄어드나요?

수정신고에 따른 가산세 감면은 과소신고·초과환급신고가산세(국세기본법 제47조의3)에만 적용됩니다(제48조제2항제1호). 부족한 세액에 붙는 납부지연가산세(제47조의4)는 따로 계산되므로 수정신고서와 함께 부족세액을 바로 납부하는 것이 좋습니다.