회계사 홍반장 & 샛별

정부지원금(보조금)으로 장비를 샀는데, 받은 해에 세금을 다 내야 하나요? — 국고보조금 손금·필요경비 특례와 부가세

2026-10-08 · 보조금·사업비 정산 · 회계사 홍반장 & 샛별
정부지원금(보조금)으로 장비를 샀는데, 받은 해에 세금을 다 내야 하나요? — 국고보조금 손금·필요경비 특례와 부가세 한눈에 보기
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지원사업에 선정돼 보조금으로 장비를 산 사장님들이 연말에 자주 하시는 질문이 있습니다. "지원금 받은 것도 매출처럼 세금이 나오나요?" 답은 「원칙적으로는 그렇다, 그런데 장비를 샀다면 한 번에 내지 않아도 되는 길이 있다」입니다.

성종회계에서 기장과 지원사업 정산을 함께 하다 보면, 이 특례를 몰라서 보조금 받은 해에 세금이 확 올라가거나, 반대로 사용계획서를 안 내서 특례를 놓치는 경우를 봅니다. 하나씩 정리해 보겠습니다. 개별 사안은 지원 조건과 사실관계에 따라 달라질 수 있으니 참고용으로 봐 주세요.

1. 보조금도 수입입니다

법인은 자본 납입 같은 것을 빼고 순자산을 늘리는 수입이면 익금입니다(법인세법 제15조제1항, 같은 법 시행령 제11조제11호). 보조금을 받으면 통장 잔고가 늘어나니 원칙적으로 익금이 됩니다. 개인사업자도 사업과 관련해 받은 보조금은 사업의 수입으로 봅니다.

그런데 보조금을 어디에 썼느냐에 따라 체감은 크게 다릅니다.

2. 장비를 샀다면 — 받은 해에 비용으로 넣는 특례

그래서 법은 보조금으로 사업용 자산을 취득·개량한 경우, 그 보조금 상당액을 받은 해에 비용(손금·필요경비)으로 넣을 수 있게 해 줍니다.

보조금을 먼저 받고 자산을 사도 되고, 자산을 먼저 사고 보조금을 나중에 받아도 됩니다. 법인의 경우 대상 자산은 사업용 유형자산·무형자산과 석유류입니다(법인세법 시행령 제64조제1항).

어떻게 넣느냐 — 장비처럼 감가상각하는 자산은 일시상각충당금, 토지처럼 감가상각하지 않는 자산은 압축기장충당금으로 계상합니다(법인세법 시행령 제64조제3항, 소득세법 시행령 제60조제1항).

나중에 어떻게 되느냐 — 일시상각충당금은 매년 그 자산의 감가상각비(보조금 상당 부분)와 상계하고, 자산을 팔면 남은 잔액을 그해에 한꺼번에 수입으로 잡습니다(법인세법 시행령 제64조제4항, 소득세법 시행령 제60조제2항). 결국 세금을 면제받는 것이 아니라, 장비를 쓰는 기간에 나눠서 내는 것입니다.

간단한 예 — 장비를 2천만 원에 사면서 그중 1,500만 원을 보조금으로 받았다면,

3. 그해에 못 샀다면 — 기한과 사용계획서

보조금을 받은 해에 장비를 못 산 경우에도 길이 있습니다.

개인사업자는 한 가지를 더 확인하세요. 소득세법 제32조는 대상을 「보조금 관리에 관한 법률」에 따른 보조금(국고보조금)으로 적고 있습니다. 법인 쪽은 지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률에 따른 보조금도 시행령에 함께 적혀 있습니다(법인세법 시행령 제64조제2항). 지자체에서 받은 지원금이라면 적용 여부를 신고 전에 꼭 따져 보셔야 합니다.

4. 부가세는 따로 봐야 합니다

받은 보조금에는 부가세가 붙지 않습니다. 재화나 용역의 공급과 직접 관련되지 않은 국고보조금과 공공보조금은 공급가액에 포함하지 않습니다(부가가치세법 제29조제5항제4호).

보조금으로 산 물건의 부가세는 사장님 몫일 수 있습니다. 매입세액을 공제받을 수 있는 사업자라면 부가세를 뺀 공급가액만 보조금 집행액으로 인정하고, 환급받을 수 있는 부가세를 집행액에 넣으면 불인정한다고 정한 공고문이 있습니다. 그런 사업이라면 부가세는 자부담으로 내고, 부가세 신고 때 매입세액으로 공제받는 흐름이 됩니다. 간이과세자나 면세사업자처럼 공제를 못 받는 경우의 처리는 공고문마다 다르니 확인하셔야 합니다.

5. 장비는 마음대로 팔 수도 없습니다

세금과 별개로, 보조금으로 산 중요한 재산은 사업이 끝난 뒤에도 승인 없이 다른 용도로 쓰거나, 팔거나, 빌려주거나, 담보로 잡히면 안 됩니다(보조금 관리에 관한 법률 제35조제3항). 장비를 처분하면 세금 쪽에서도 남은 충당금이 한꺼번에 수입으로 잡히니, 처분 전에 두 가지를 같이 확인하세요.

정리 — 보조금으로 장비를 샀다면

보조금은 정산과 세무가 따로 노는 것 같지만, 장부에 어떻게 올리느냐에 따라 세금과 정산이 함께 맞아떨어집니다. 지원사업에 선정되셨다면 장비를 사기 전에 한 번 같이 정리해 두시는 걸 권합니다.

궁금한 점은 이 사이트의 「상담 신청」이나 메일(kicpa1658@gmail.com)로 편하게 문의해 주세요.

자주 묻는 질문

보조금도 세금을 내야 하는 수입인가요?
네. 법인은 순자산을 늘리는 수입이 익금이므로(법인세법 제15조제1항) 보조금도 원칙적으로 익금입니다. 그래서 보조금으로 사업용 자산을 산 경우에만 받은 해에 그만큼 비용으로 넣을 수 있는 특례를 따로 두고 있습니다(법인세법 제36조, 소득세법 제32조).
보조금을 받은 해에 장비를 못 샀으면 특례를 못 받나요?
법인은 다음 사업연도 개시일부터 1년 이내(법인세법 제36조제2항), 개인사업자는 다음 과세기간 종료일까지(소득세법 제32조제2항) 사들이면 적용받을 수 있습니다. 이때는 국고보조금 사용계획서를 내야 하고, 기한까지 쓰지 않으면 그만큼 다시 수입으로 잡힙니다.
보조금에도 부가세가 붙나요?
재화나 용역의 공급과 직접 관련되지 않은 국고보조금·공공보조금은 공급가액에 포함하지 않습니다(부가가치세법 제29조제5항제4호). 다만 보조금으로 산 물건의 부가세는 보조금 집행액으로 인정하지 않는 공고문이 있어 사업 조건을 따로 확인해야 합니다.
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