주식등변동상황명세서, 누가 언제까지 내야 하고 안 내면 어떻게 되나요?

법인의 주주가 바뀌거나 증자를 하면 주주명부와 등기, 계약서는 바로 정리해 두지만, 세무서에 내는 서류가 따로 있다는 점은 의외로 놓치기 쉽습니다. 법인세 신고서는 냈는데 이 명세서를 빠뜨리는 경우가 그래서 생깁니다. 이 글은 누가 내야 하는지, 언제까지 내는지, 어디까지 빼도 되는지, 안 내면 어떻게 되는지를 법인세법 순서대로 정리합니다.

이 글은 성종회계에서 법인 결산과 법인세 신고를 하며 자주 받는 질문을 바탕으로 정리했습니다. 숫자는 모두 가상 수치이고, 개별 사안은 법인의 종류와 주주 구성 등 사실관계에 따라 달라질 수 있습니다. 근거는 법인세법(시행 2026.07.01), 같은 법 시행령(시행 2026.10.01), 같은 법 시행규칙(시행 2026.07.01) 원문입니다.

1. 누가 내나요: 사업연도 중 변동이 있는 법인

법인세법 제119조제1항은 사업연도 중에 주식등의 변동사항이 있는 법인이 주식등변동상황명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하도록 정합니다. 반대로 한 사업연도 내내 주주도 지분도 그대로였다면 그해에는 낼 명세서가 없습니다.

여기서 변동은 시행령 제161조제7항이 설명합니다. 매매, 증자, 감자, 상속, 증여, 출자 등으로 주주등, 지분비율, 보유주식액면총액, 보유출자총액이 바뀌는 경우를 말합니다. 주식을 사고판 경우만이 아니라 신주를 발행해 새 주주가 들어온 경우, 유상감자를 한 경우, 주주가 사망해 상속인이 지분을 이어받은 경우도 모두 해당합니다.

2. 언제까지, 무엇을 담아 내나요

제출 기한은 법인세 과세표준 신고기한입니다(법 제119조제1항, 제60조). 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내이므로, 12월 결산 법인이라면 다음 해 3월 31일까지입니다. 성실신고확인서를 내는 법인은 신고기한이 4개월로 늘어납니다(제60조제1항). 외부감사 때문에 결산이 확정되지 않아 신고기한 연장을 신청한 법인(제60조제7항)은 명세서도 연장된 신고기한까지로 볼 수 있으나, 관할 세무서에 확인하시기 바랍니다.

서식은 시행규칙의 별지 제54호서식입니다. 시행령 제161조제6항에 따라 명세서에는 주식등의 실제소유자를 기준으로 다음을 적습니다.

• 주주등의 성명 또는 법인명, 주민등록번호, 사업자등록번호 또는 고유번호
• 주주등별 주식등의 보유현황
• 사업연도 중 주식등의 변동사항

명의만 빌려준 주주가 있을 때에도 실제소유자를 적어야 하므로, 제출 전에 주주명부와 실제 보유 현황이 다르지 않은지 먼저 정리하는 것이 순서입니다.

3. 내지 않아도 되는 경우는 두 층입니다

면제는 법인 전체를 빼는 경우와 일부 주식만 빼는 경우, 이렇게 두 층으로 나뉩니다.

첫째, 법인 전체가 제외되는 경우. 법 제119조제1항 괄호는 대통령령으로 정하는 조합법인 등을 제외하며, 시행령 제161조제1항은 다음과 같이 열거합니다.

• 시행령 제2조제1항 각 호의 법인(중앙회와 연합회는 제외)
• 자본시장법에 따른 투자회사, 투자유한회사, 투자합자회사(기관전용 사모집합투자기구는 제외)
• 기업구조조정투자회사 등 자본시장법 제6조제5항 각 호에 해당하는 법인
• 주주등이 재정경제부령으로 정하는 공공기관 또는 기관투자자와 주권상장법인의 소액주주로만 구성된 법인
• 도시 및 주거환경정비법 제38조에 따른 정비사업조합
• 그 밖에 재정경제부령으로 정하는 법인

둘째, 일부 주식만 제외되는 경우. 법 제119조제2항은 상장법인과 그 밖의 법인을 나누어 정합니다.

• 시행령으로 정한 주권상장법인은 지배주주(특수관계인 포함) 외의 주주등이 가진 주식등
• 그 밖의 법인은 소액주주가 가진 주식등

중소 비상장법인은 대부분 두 번째 가운데 소액주주 기준을 적용받습니다. 시행령 제161조제4항제3호는 상장법인이 아닌 법인의 소액주주를, 발행주식총수 또는 출자총액의 1% 미만을 가진 주주(지배주주등의 특수관계인 제외, 시행령 제50조제2항) 가운데 보유 주식의 액면금액 또는 출자총액의 합계가 500만 원 이하인 주주등으로 정합니다.

가상으로 발행주식이 20만 주이고 액면금액이 5,000원인 법인의 주주(지배주주의 특수관계인 아님)를 생각해 보겠습니다. 1,000주(0.5%)를 가졌다면 합계 500만 원이라 소액주주이고, 1,001주를 가졌다면 5,005,000원으로 기준을 넘으므로 소액주주가 아닙니다. 판단은 사업연도 개시일과 종료일 두 날의 현황으로 하며, 어느 한 날이라도 기준을 넘으면 소액주주로 보지 않습니다(같은 조 제5항). 연초에는 900주였는데 연말에 증자 참여로 1,200주가 됐다면 소액주주에서 빠지는 것이고, 그 주주의 변동은 명세서에 올라갑니다.

이렇게 보면 주주가 몇 명 되지 않는 가족 법인은 사실상 모든 주주가 명세서에 들어가는 경우가 많습니다.

4. 안 내거나 빠뜨리면 가산세가 붙습니다

법 제75조의2제2항은 명세서를 제출해야 하는 내국법인이 다음 중 하나에 해당하면 그 주식등의 액면금액 또는 출자가액의 100분의 1을 가산세로 해당 사업연도의 법인세액에 더하여 납부하도록 합니다.

• 명세서를 제출하지 않은 경우
• 명세서에 주식등의 변동사항을 누락하여 제출한 경우
• 제출한 명세서가 불분명한 경우

불분명한 경우란 시행령 제120조제2항이 정하는 것으로, 주주 성명이나 보유현황, 변동사항 같은 필수 기재사항을 적지 않았거나 잘못 적어 변동을 확인할 수 없는 경우, 또는 필수 기재사항이 실제소유자와 다르게 적혀 변동을 확인할 수 없는 경우입니다. 다만 법인이 실제소유자를 알 수 없는 등 정당한 사유가 있다면 제외됩니다(같은 항 단서).

이 가산세는 산출세액이 없는 법인, 즉 적자 법인에게도 적용됩니다(법 제75조의2제3항). 법인세가 0원이라고 안심할 수 있는 규정이 아닙니다.

가상 숫자로 계산해 보겠습니다. 액면금액 5,000원 주식 6,000주(액면 합계 3,000만 원)가 한 해 동안 양도되었는데 명세서에 이를 빠뜨렸다면, 가산세는 3,000만 원의 1퍼센트인 30만 원입니다. 주식 수가 많고 액면금액이 큰 법인일수록 금액이 빠르게 커지므로, 변동 내역을 빠짐없이 적는 편이 안전합니다.

5. 설립 때 내는 명세서와 구분하세요

비슷한 이름의 서류로, 법인을 만들 때 내는 주주등의 명세서가 있습니다. 설립등기일부터 2개월 이내에 내는 법인 설립신고서에 첨부하는 서류이고(법 제109조제1항), 설립신고 전에 사업자등록을 먼저 하는 경우에는 그때 제출합니다(법 제111조제1항). 이를 내지 않거나 누락하면 법 제75조의2제1항에 따라 해당 주주등이 보유한 주식등의 액면금액 또는 출자가액의 1천분의 5를 설립일이 속하는 사업연도의 법인세액에 더해 냅니다. 설립 때는 0.5퍼센트, 그 뒤 변동 명세서는 1퍼센트로 서로 다른 조문이고 세율도 다릅니다.

설립 첫해에는 설립 때 낸 주주 명세와 같은 해에 일어난 변동 명세가 같이 필요할 수 있어, 두 서류가 서로 맞는지 보는 것이 좋습니다.

6. 신고 전에 확인할 순서

실무에서는 다음 순서가 가장 실수가 적습니다.

1. 주주명부와 등기부, 주식 양도양수 계약서로 사업연도 중 변동을 모두 뽑습니다.
2. 명의만 다른 주주가 있는지 확인해 실제소유자 기준으로 맞춥니다.
3. 개시일과 종료일 현재 보유 주식의 액면금액 합계로 소액주주를 가려 제외 대상을 정합니다.
4. 법인세 신고기한 안에 신고서와 함께 관할 세무서에 제출합니다.

변동이 없는 해에는 이 절차 자체가 필요 없습니다. 거꾸로 변동이 있었는데도 "소액이라서" 또는 "적자라서" 안 내도 된다고 생각하면 위의 가산세가 붙을 수 있습니다.

궁금한 점은 이 사이트의 「상담 신청」이나 메일(cpa@taxhong.com)로 편하게 문의해 주세요.

자주 묻는 질문

주주가 바뀐 적이 없으면 주식등변동상황명세서를 안 내도 되나요?

법인세법 제119조제1항은 사업연도 중에 주식등의 변동사항이 있는 법인에 제출 의무를 둡니다. 그 사업연도에 변동이 없다면 제출 대상이 아닙니다. 다만 증자, 감자, 상속, 증여도 변동에 포함되므로 매매만 보고 판단하지 않는 것이 좋습니다(시행령 제161조제7항).

지분이 아주 적은 주주는 명세서에 안 적어도 되나요?

비상장법인은 소액주주가 가진 주식이 제출 대상에서 빠집니다(법인세법 제119조제2항제2호). 소액주주는 발행주식총수(출자총액)의 1% 미만을 가진 주주(지배주주의 특수관계인 제외)로서 액면금액 합계가 500만 원 이하인 주주이고, 사업연도 개시일과 종료일 현재를 보아 어느 한 날이라도 이 기준을 넘으면 소액주주로 보지 않습니다(시행령 제161조제4항제3호·제5항, 제50조제2항).

명세서를 내지 않으면 가산세가 얼마인가요?

제출하지 않거나 변동사항을 누락하거나 내용이 불분명한 경우, 해당 주식등의 액면금액 또는 출자가액의 100분의 1이 가산세입니다. 산출세액이 없어도 적용됩니다(법인세법 제75조의2제2항, 제3항).