연차수당을 줄 때 원천징수는 언제 어떻게 하나요? 재직 중, 퇴직 때, 미지급일 때 나눠 정리

퇴직자가 나오는 달이면 급여 마감을 하다가 미사용 연차수당 때문에 손이 멈추는 경우가 많습니다. 얼마를 줄지는 노무의 영역이고, 경리 담당자에게 남는 질문은 「이 돈에서 세금을 언제, 어떤 방식으로 떼고, 어디에 보고하느냐」입니다. 연차 제도 자체와 사용촉진은 앞선 노무 글에서 다뤘으니, 이 글은 세무 처리만 정리합니다. 회사 결산에서 손금이 되는 시기는 「연차수당을 아직 안 줬는데 결산에 비용으로 잡았다면…」 글에서 다뤘습니다.

숫자는 모두 가상이고, 개별 사안은 취업규칙과 지급 약정, 실제 지급 사실에 따라 달라질 수 있습니다. 근거는 소득세법(시행 2026.07.01), 같은 법 시행령(시행 2026.10.01), 근로기준법(시행 2026.10.08) 원문입니다.

1. 연차수당은 어떤 소득인가요

근로소득은 근로를 제공함으로써 받는 봉급·급료·보수·임금·상여·수당과 이와 유사한 성질의 급여입니다(소득세법 제20조제1항제1호). 연차수당은 미사용 연차휴가에 대해 근로기준법에 따라 지급하는 임금이므로 이 수당에 해당합니다.

퇴직소득은 공적연금 일시금, 사용자 부담금을 기초로 현실적인 퇴직을 원인으로 지급받는 소득 등을 말합니다(같은 법 제22조제1항). 연차수당은 퇴직급여를 정산하는 돈이 아니라 근로의 대가이므로, 퇴직금과 같은 날 같은 통장으로 나가더라도 소득 구분은 근로소득입니다. 퇴직금과 합산해 퇴직소득으로 원천징수하면 세액이 달라지니, 급여대장에서 항목을 나눠 두는 편이 안전합니다.

2. 시기를 세 가지로 나눠 보세요

• 귀속 시기: 시행령 제49조제1항제1호는 급여의 수입시기를 「근로를 제공한 날」로 정합니다. 연차수당은 근로를 제공한 특정한 날이 없는 수당이어서 이 문구만으로는 해마다 쟁점이 생길 수 있습니다. 연말에 소멸한 연차를 다음 해 1월에 지급하는 경우처럼 해를 넘기는 사안은 지급 약정과 확정 시점을 정리해 두고, 필요하면 국세청 질의회신을 확인하시기 바랍니다.
• 원천징수 시기: 원천징수의무자가 매월분의 근로소득을 지급할 때 간이세액표에 따라 원천징수합니다(소득세법 제134조제1항). 즉 연차수당은 지급하는 때를 기준으로 합니다.
• 납부 시기: 원천징수한 세액은 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납부합니다(제128조제1항). 상시 고용 인원 등 요건에 해당하는 원천징수의무자는 반기별로 납부할 수 있습니다(같은 조 제2항).

원천징수이행상황신고서에는 귀속월과 지급월을 구분해 적습니다. 11월 급여와 함께 연차수당을 11월 말에 주면 귀속 11월·지급 11월이고, 12월 초에 주면 지급월이 12월로 달라집니다.

3. 재직 중에 줄 때

정기 급여와 함께 지급하면 그달 급여에 연차수당을 더한 금액에 간이세액표를 적용합니다. 연차수당만 따로 이체하더라도 같은 달에 지급한 근로소득이므로 합산해서 세액을 구해야 합니다.

다만 연차수당이 근로소득 중 상여 또는 상여의 성질이 있는 급여로 보이는 경우에는 소득세법 제136조의 상여 등 징수세액 계산이 문제 될 수 있습니다. 이 규정은 지급대상기간이 있는지에 따라 세액을 계산하는 방법을 달리 정합니다. 취업규칙에서 연차수당을 어떤 성격의 금액으로 정했는지, 급여대장에 어느 항목으로 올리는지를 먼저 확인하시기 바랍니다.

일용근로자의 연차수당은 일용근로자 방식으로 별도 계산합니다(제134조제3항). 일용근로자는 근로를 제공한 날 또는 시간에 따라 대가를 계산하는 사람으로서 동일한 고용주에게 3개월 이상 계속 고용되지 않은 사람 등을 말하는데(시행령 제20조제1항). 일용근로자 여부는 고용 형태와 기간을 보고 판단합니다.

4. 퇴직하는 달에 함께 줄 때

소득세법은 퇴직자가 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때 연말정산을 하도록 정합니다(제134조제2항제2호, 제137조제1항). 이때 계산하는 근로소득은 퇴직하는 날까지의 근로소득 합계입니다. 퇴직하는 달에 함께 지급하는 미사용 연차수당은 이 합계에 들어가고, 퇴직월 정산에서 같이 처리됩니다.

가상 숫자로 보겠습니다. 직원이 11월 20일에 퇴직하고, 11월 말 급여일에 11월분 급여 280만 원과 회사 규정으로 계산한 미사용 연차수당 40만 원을 함께 지급한다고 하겠습니다.

• 11월 말 급여에서 퇴직 연말정산을 합니다. 1월부터 11월까지 지급한 근로소득에 연차수당 40만 원이 더해진 금액이 연말정산 대상 총급여입니다.
• 신고서는 귀속 11월·지급 11월로 작성하고, 원천징수한 세액은 12월 10일까지 납부합니다.
• 간이지급명세서는 12월 31일까지 제출합니다(아래 6절).

반면 퇴사 처리가 끝난 뒤에 연차수당만 따로 지급하면, 이미 발급한 원천징수영수증과 제출한 명세서가 실제와 달라집니다. 퇴직 후 지급분의 정산 방법은 조문에 직접 정한 바가 없으니, 가능하면 퇴직월 급여에 포함해 정산을 끝내고, 따로 지급해야 한다면 관할 세무서에 처리 방법을 확인하시기 바랍니다. 퇴직자가 같은 해에 다른 회사에 취직하면 새 회사가 전 근무지의 영수증을 받아 합산해 연말정산합니다(시행령 제197조제1항).

5. 줘야 하는데 안 줬을 때

연차수당을 줄 의무와 금액이 이미 정해졌는데 지급을 미루면 소득세법 제135조가 적용될 수 있습니다.

• 1월부터 11월까지의 근로소득을 그 해 12월 31일까지 지급하지 않았다면 12월 31일에 지급한 것으로 봅니다(제1항).
• 12월분 근로소득을 다음 해 2월 말일까지 지급하지 않았다면 2월 말일에 지급한 것으로 봅니다(제2항).

실제로 돈을 주지 않았는데도 원천징수 의무가 생기는 구조이므로, 회사 사정으로 연차수당 지급이 밀리면 이 기한을 달력에 표시해 두는 것이 좋습니다. 반대로 근로기준법 제61조의 사용촉진 조치를 모두 마치고 휴가가 소멸하여 보상 의무가 없다면(제61조제1항), 지급할 돈이 없으므로 원천징수 대상도 생기지 않습니다. 이 부분의 요건은 앞선 노무 글을 참고하세요.

6. 지급명세서와 간이지급명세서

• 간이지급명세서: 일용근로자가 아닌 근로자에게 지급하는 근로소득은 소득 지급일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 제출합니다(소득세법 제164조의3제1항제1호). 위 예시처럼 11월에 지급했다면 12월 31일까지입니다. 제135조가 적용되는 소득은 해당 과세기간 종료일을 지급일로 봅니다.
• 지급명세서: 근로소득 지급명세서는 지급일이 속하는 과세기간의 다음 연도 3월 10일까지 제출합니다(제164조제1항).
• 가산세: 간이지급명세서를 기한까지 내지 않으면 제출하지 않은 분의 지급금액의 1만분의 25, 기한이 지난 뒤 1개월 이내에 내면 10만분의 125입니다. 금액이 사실과 다르게 적힌 경우에도 같은 비율의 가산세가 있습니다(제81조의11제1항제1호나목·제2호나목).
• 제81조의11제3항제1호는 2027년 1월 1일부터 12월 31일까지(반기별 납부자는 2028년 12월 31일까지) 근로소득을 지급하는 경우로서 반기 단위로 늦게 제출하는 때 간이지급명세서 가산세를 매기지 않는 경과 규정을 둡니다. 적용 요건과 시한은 해마다 달라질 수 있으니 그해 국세청 안내를 확인하세요.

연차수당을 급여와 다른 달에 지급했다면 간이지급명세서의 지급월도 그 달로 맞춰야 합니다.

7. 점검 순서

1. 퇴직자의 미사용 연차수당을 퇴직 정산 단계에서 확정했는지 확인합니다.
2. 급여대장에서 연차수당을 퇴직금과 구분된 항목으로 올렸는지 봅니다.
3. 지급하는 달 급여에 합산해 원천징수했는지, 퇴직자라면 퇴직하는 달에 연말정산을 마쳤는지 봅니다.
4. 지급월 기준으로 원천징수이행상황신고서를 쓰고, 다음 달 10일까지 납부합니다.
5. 지급 의무가 확정됐는데 미지급인 금액이 있다면 12월 31일(1~11월분)과 다음 해 2월 말일(12월분) 기한을 따로 표시합니다.
6. 간이지급명세서는 지급월의 다음 달 말일까지 냅니다.

개별 사안은 취업규칙, 지급 약정, 실제 지급 사실에 따라 달라질 수 있습니다.

궁금한 점은 이 사이트의 「상담 신청」이나 메일(cpa@taxhong.com)로 편하게 문의해 주세요.

자주 묻는 질문

연차수당도 급여처럼 원천징수하나요?

네. 연차수당은 근로를 제공함으로써 받는 수당이므로 소득세법 제20조제1항제1호의 근로소득이고, 지급하는 달의 급여에 포함해 근로소득 간이세액표에 따라 원천징수합니다(같은 법 제134조제1항). 퇴직금처럼 퇴직소득으로 보지 않습니다. 개별 사안은 지급 약정과 사실관계에 따라 달라질 수 있습니다.

퇴사한 직원의 미사용 연차수당을 퇴사 후에 따로 주면 어떻게 하나요?

소득세법은 퇴직자의 연말정산을 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때 하도록 정합니다(제134조제2항제2호, 제137조제1항). 그래서 퇴직 정산 단계에서 미사용 연차수당을 확정해 퇴직하는 달 급여와 함께 주는 것이 순서가 가장 깔끔합니다. 퇴직 후에 따로 지급한 경우의 정산 방법은 조문에 직접 정한 바가 없으니 관할 세무서에 확인하시기 바랍니다.

연차수당을 줘야 하는데 계속 미루면 원천징수는 언제 하나요?

근로소득을 지급해야 할 원천징수의무자가 1월부터 11월까지의 근로소득을 그 해 12월 31일까지 지급하지 않으면 12월 31일에 지급한 것으로 보아 원천징수합니다. 12월분은 다음 해 2월 말일까지 지급하지 않으면 2월 말일에 지급한 것으로 봅니다(소득세법 제135조제1항·제2항).