보조금 정산 검증수수료, 누가 내고 사업비로 쓸 수 있나요?

보조금 정산이 끝나갈 때쯤 대표님들이 꼭 물으시는 것이 있습니다. 「회계법인 검증을 받아야 한다는데, 그 수수료는 누가 내나요? 사업비로 써도 되나요?」 결론부터 말씀드리면, 법에는 수수료를 누가 내는지 정한 조문이 없고, 사업마다 공고문과 지침이 달리 정합니다. 그래서 먼저 우리 사업이 어느 쪽인지부터 확인하셔야 합니다.

1. 검증을 받아야 하는 사업인가

정산보고서를 외부 감사인에게 검증받아야 하는 기준은 법에 있습니다.

• 국고보조금: 보조금 총액이 1억원 이상인 보조사업자(간접보조사업자 포함, 지방자치단체는 제외)는 외부감사법상 감사인(회계법인 등)에게 정산보고서의 적정성 검증을 받아야 합니다(보조금 관리에 관한 법률 제27조제2항, 같은 법 시행령 제12조의2제2항). 보조사업자가 공기업이나 준정부기관인 경우처럼 사업 특성상 달리 정할 필요가 있으면 별도 고시 금액을 따릅니다.
• 지방보조금: 지방보조금 총액이 3억원 이상인 지방보조사업자가 대상입니다(지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률 제17조제2항). 다만 같은 사업 내용이 국고보조사업에 포함되어 이미 검증을 받았다면 다시 받지 않습니다.

두 법의 원문에서 검증 대상과 방법은 나오지만, 검증 수수료를 누가 부담하는지는 정해져 있지 않습니다. 그래서 공고문, 협약서, 산정기준으로 내려가야 합니다.

2. 수수료는 보통 세 갈래 중 하나입니다

갈래 1. 지원기관이 회계법인을 지정하고 수수료도 부담 공고문에 「회계법인은 기관이 지정하고 정산수수료를 부담한다」는 취지로 적은 사업이 있습니다. 공고문이 이렇게 정했다면 사업자는 수수료를 사업비로 잡지 않습니다. 사업비 항목에 회계검사 수수료를 넣었다가 중복 집행으로 불인정될 수 있으니 주의하세요. 공고문에 수수료를 기관이 부담한다는 문장과 함께 이행보증보험 수수료 같은 다른 수수료는 사업비 편성이 불가하다는 문장이 나란히 있는 경우도 있습니다. 둘은 별개의 규정입니다.

갈래 2. 사업자가 직접 감사인을 정하고 사업비로 편성 정부 보조사업의 정산보고서 작성지침(2024년 1월 시행본, 현행 명칭은 「보조사업 실적보고서 및 정산보고서 작성지침」) 별표 1은 운영비의 일반수용비 아래 「각종 수수료 및 사용료」에 검정료, 감정료, 시험료, 회계검사수수료를 들고 있습니다. 한국공인회계사회의 해설서도 이를 근거로 정산보고서 검증수수료는 보조금에서 집행할 수 있다고 풀이합니다. 이 갈래라면 처음부터 사업계획서와 산출내역서에 검증수수료를 편성해 두어야 합니다. 나중에 비목 사이에서 돈을 옮기려면 원칙적으로 변경 승인이 필요합니다. 기관이 정한 경미한 사항은 예외입니다(보조금 관리에 관한 법률 제23조, 지방보조금은 지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률 제14조).

갈래 3. 지방보조금에서 지자체장이 승인하는 경우 지방보조금 관리기준에는 지방자치단체의 장이 보조사업자의 재정부담능력을 고려해 정산보고서 검증 비용을 지방보조금에서 지출하도록 승인할 수 있다는 조항이 있습니다(제19조제5항, 한국공인회계사회 해설서에 실린 2024년 1월 시행본 기준). 승인이 있어야 하니, 지출하기 전에 승인을 받아 두세요.

이 어느 쪽도 아니라면 사업자 자체 비용(자부담)으로 보게 됩니다.

3. 사업비로 편성했다면 확인할 것

• 사업의 산정기준: 정산보고서를 검증하는 감사인은 사업별로 비목 산정기준이 구체적으로 정해져 있으면 그 기준을 따릅니다(보조사업 정산보고서 검증지침 제13조제3항, 2024년 10월 22일 시행본). 일반수용비나 지급수수료 비율에 상한이 있거나 편성 가능한 항목이 정해져 있으면 그 안에서만 쓸 수 있습니다.
• 지출 시기: 일반 비용은 사업기간 안에 계약 같은 지출원인행위가 끝나야 인정됩니다. 그런데 검증수수료와 최종보고서 인쇄비는 사업이 끝나야 지출할 수 있는 성격이라, 불인정 사유 중 「사업기한 내 지출원인행위 미완료」에서 따로 제외되어 있습니다(보조사업 정산보고서 작성지침 2024년 1월 시행본 제5조제8호). 한국공인회계사회 해설서도 이 둘은 사업 종료 후 지출결의와 결제가 가능하다고 설명합니다.
• 증빙: 일반적으로 검증 계약서, 세금계산서, 사업비 계좌에서 이체한 내역, 검증보고서 사본이 기본입니다.

4. 이런 경우는 인정되지 않습니다

• 법인 자체 결산·세무 수수료를 사업비로 처리: 보조사업과 관련 없는 법인 자체 회계결산 수수료를 보조금으로 집행하면 용도 외 사용입니다(보조금 관리에 관한 법률 제22조제1항). 한국공인회계사회 해설서도 이를 환수 명령 대상 사례로 듭니다. 같은 회계법인에 결산도 맡기고 정산 검증도 맡긴다면 계약서와 청구서를 따로 나누셔야 합니다.
• 기관이 부담하는 사업인데 사업비로 중복 집행: 갈래 1에서 본 경우입니다.
• 편성하지 않은 채 사업 종료 직전에 비목을 옮겨 집행: 경미한 변경으로 인정되는 범위를 넘어 변경 승인 없이 경비 배분을 바꾸면 안 됩니다.

정리: 검증 대상이 되면 이 순서로

• 검증 대상 금액인지 먼저 확인했는가 (국고 1억원, 지방 3억원 기준)
• 공고문·협약서에 수수료 부담 주체가 적혀 있는가
• 사업자가 낸다면 산출내역서에 편성했고 비목 한도 안인가
• 지방보조금이라면 지자체장의 승인이 있는가
• 법인 결산 수수료와 계약·청구를 분리했는가

위 조문과 지침은 개정될 수 있고, 개별 사안은 공고문·협약서·사실관계에 따라 달라질 수 있습니다. 출처 중 작성지침은 한국공인회계사회 해설서(2024년 11월 발간)에 실린 2024년 1월 시행본입니다. 이후 지침 명칭이 「보조사업 실적보고서 및 정산보고서 작성지침」으로 바뀌어 검증지침이 그 이름으로 인용하고 있으니, 조항 번호와 문구는 최신본과 사업을 맡긴 기관의 안내로 한 번 더 확인하시기 바랍니다.

궁금한 점은 이 사이트의 「상담 신청」이나 메일(cpa@taxhong.com)로 편하게 문의해 주세요.

자주 묻는 질문

정산 검증수수료를 보조금으로 낼 수 있나요?

사업에 따라 다릅니다. 정부 보조사업의 정산보고서 작성지침(2024년 1월 시행본) 별표에는 일반수용비 아래 「각종 수수료 및 사용료」에 회계검사수수료가 들어 있어서, 사업계획에 편성했다면 보조금에서 쓸 수 있는 것으로 풀이됩니다. 다만 기관이 수수료를 부담한다고 공고문에 적은 사업이나 해당 세목을 막아 둔 사업이라면 사업비로 잡을 수 없습니다.

사업기간이 끝난 뒤에 검증수수료를 내도 인정되나요?

일반 비용은 사업기간 안에 지출원인행위를 마쳐야 하지만, 최종보고서 인쇄비와 검증수수료는 사업이 끝나야 지출할 수 있는 성격이라 불인정 사유에서 따로 빼 두었습니다(보조사업 정산보고서 작성지침 2024년 1월 시행본 제5조제8호). 그래도 처음 사업계획서에 편성해 두는 편이 안전합니다.

우리 법인의 일반 결산 수수료도 사업비로 처리해도 되나요?

안 됩니다. 보조사업과 관련 없는 법인 자체 회계결산 수수료를 보조금으로 집행하면 용도 외 사용이 되어 환수 대상이 될 수 있습니다. 정산 검증수수료는 보조사업의 정산보고서를 검증받는 비용에 한정됩니다.