주식등변동상황명세서, 세무 담당자가 챙기는 작성 순서

법인세 신고를 준비하는 담당자를 위한 글입니다. 「누가 내야 하나」는 사이트의 「주식등변동상황명세서, 누가 언제까지 내야 하고 안 내면 어떻게 되나요?」 글에 정리해 두었으니, 여기서는 어떤 순서로 자료를 모으고 서식을 채우는지를 다룹니다. 예시는 가상의 회사 (주)샛별상사(도소매, 12월 결산, 비상장, 발행주식 20만 주, 액면 5,000원)로 듭니다.

1. 먼저 내야 하는 해인지 가린다

작성에 앞서 세 가지만 확인하면 됩니다.

• 사업연도 중에 주주 또는 지분이 바뀌었는가. 바뀐 게 없으면 제출 대상이 아닙니다(법인세법 제119조제1항).
• 변동의 종류를 매매에만 한정하지 않았는가. 증자, 감자, 상속, 증여, 출자도 변동입니다(시행령 제161조제7항).
• 제출 제외 법인이 아닌가. 조합법인, 투자회사, 정비사업조합 같은 법인은 제외됩니다(시행령 제161조제1항).

새로 설립한 법인은 설립 때 주주 명세가 이미 들어가 있으므로 그 사업연도에 주식 변동이 없으면 낼 필요가 없고, 변동이 있었다면 신고기한까지 내야 합니다(국세청 「2026 법인세 신고안내」, 2026).

기한은 법인세 신고기한과 같습니다. 12월 결산이면 다음 해 3월 31일이고, 성실신고확인서를 내는 법인은 4개월이라 4월 30일입니다(법인세법 제60조제1항, 제119조제1항). 외부감사로 결산이 확정되지 않아 신고기한 연장을 받은 법인이라면 연장된 기한을 쓸 수 있는지 관할 세무서에 확인하는 것이 안전합니다. 담당자가 판단하기 애매한 부분이라, 확인한 내용을 메모로 남겨 두면 다음 해에도 쓸 수 있습니다.

2. 변동을 뽑는다: 주주명부, 등기, 거래 서류를 맞춘다

명세서는 주식등의 실제소유자 기준으로 적습니다(시행령 제161조제6항). 주주명부 한 장만 믿고 쓰면 안 되는 이유입니다. 아래 자료를 같은 날짜 기준으로 맞춰 보세요.

실무에서 조심할 부분은 명의신탁입니다. 주주명부상 이름과 실제 주주가 다르면, 실제소유자 기준으로 적어야 하는 명세서와 어긋납니다. 이 경우 세법 쟁점이 따로 생기므로 명세서만 고쳐서 해결하려 하지 말고 회사 측에 사실관계부터 확인하는 것이 순서입니다.

예시. (주)샛별상사의 2026사업연도 변동은 다음과 같습니다.

여기서 병은 기초에 1,000주(액면 500만 원)를 가졌고, 이 숫자가 아래 3절의 판정 대상이 됩니다.

3. 소액주주 보유분을 판정한다

비상장법인은 소액주주가 가진 주식이 제출 대상에서 빠집니다(법인세법 제119조제2항제2호). 담당자가 가장 헷갈리는 부분은 요건이 두 겹이라는 점입니다.

1. 소액주주등: 발행주식총수 또는 출자총액의 1% 미만을 소유한 주주등이고, 지배주주등의 특수관계인은 제외합니다(시행령 제50조제2항).
2. 비상장법인 기준 금액: 보유 주식의 액면금액 합계가 500만 원 이하일 것(시행령 제161조제4항제3호).

그리고 판정 시점은 사업연도 개시일과 종료일 두 날입니다. 어느 한 날이라도 소액주주등에 해당하지 않으면 소액주주등으로 보지 않습니다(시행령 제161조제5항).

예시의 병은 개시일에 1,000주(발행주식총수 20만 주의 0.5%, 액면 500만 원)를 가지고 있고, 종료일에는 0주입니다. 두 날 모두 요건을 갖추므로 소액주주로 볼 수 있습니다. 다만 병이 갑의 특수관계인(예: 갑의 친족)이라면 소액주주등에서 빠지니, 병과 갑의 관계는 꼭 확인해야 합니다.

병이 소액주주로 판정되면, 병의 변동분은 서식의 면제 주주 소계란에 합산해 적습니다. 반면 갑, 을, 정은 개인별 명세를 적어야 합니다(국세청 「2026 법인세 신고안내」, 2026).

4. 서식을 채운다: 별지 제54호서식

서식은 시행규칙 별지 제54호서식입니다(법인세법 시행규칙 [별지 제54호서식]). 명세서에 반드시 넣을 사항은 시행령 제161조제6항이 정합니다.

• 주주등의 성명 또는 법인명, 주민등록번호·사업자등록번호 또는 고유번호
• 주주등별 주식등의 보유현황
• 사업연도 중의 주식등의 변동사항

주민등록번호 하나가 틀리거나 빠져도 「필요적 기재사항 오류로 불분명한 명세서」가 될 수 있습니다(국세청 「2026 법인세 신고안내」, 2026). 제출 전에 주주별 인적사항을 주주명부와 다시 한 번 맞춰 보세요.

양도가 있으면 양도명세서를 같이 낸다

변동 원인이 양도라면 국세청 안내책자는 「주식·출자지분 양도명세서」 1부를 함께 내라고 안내합니다. 양도명세서 작성요령은 주식수가 줄어든 주주를 기준으로 변동원인 코드를 적도록 하고(양도 01, 상속 02, 증여 03, 환원 04, 기타 05), 일련번호는 1번부터 차례로 적습니다(국세청 「2026 법인세 신고안내」, 2026).

예시에서는 양도에 해당하는 주주가 을(10,000주 감소)과 병(1,000주 감소)이므로, 두 사람 모두 변동원인 코드를 01로 적습니다. 양수한 갑과 정은 주식수가 늘어난 쪽이라 양도명세서 대상이 아닙니다.

이 양도명세서는 국세청 안내책자가 함께 내도록 안내하는 서류입니다. 서식과 작성방법은 안내책자와 관할 세무서 안내를 같이 확인하세요.

5. 제출한다: 전자신고

명세서는 법인세 신고 때 전자신고로 제출하거나 전산매체로 제출할 수 있습니다. 주주 수가 많아 전산으로 관리하는 법인은 국세청 전산조직에 맞는 수록요령을 안내받아 전산매체로 낼 수 있습니다(국세청 「2026 법인세 신고안내」, 2026). 담당자가 신고 마지막 날에 몰려서 서두르다 누락하는 경우가 많으니, 법인세 신고서 마감 체크리스트에 「주식등변동상황명세서」 한 줄을 넣어 두세요.

6. 빠뜨렸을 때: 가산세를 계산해 둔다

미제출, 누락, 불분명한 경우에는 해당 주식등 액면금액(출자가액)의 1%가 가산세입니다. 법인세 산출세액이 없어도 부과됩니다(법인세법 제75조의2제2항, 제3항).

예시. 위 사례에서 담당자가 을과 정 사이 양도 10,000주를 누락한 채 신고했다면, 누락 액면금액은 10,000주 × 5,000원 = 5,000만 원이고, 가산세는 5,000만 원 × 1% = 50만 원입니다.

기한이 지난 후 1개월 이내에 제출하는 의무를 이행하면 이 가산세의 50%를 감면합니다. 위 예시라면 25만 원이 됩니다(국세기본법 제48조제2항제3호나목, 국세청 「2026 법인세 신고안내」, 2026). 한도도 있어서, 의무 위반 종류별로 5,000만 원(중소기업이 아닌 기업은 1억 원)이 상한이지만, 의무를 고의로 위반한 경우에는 이 한도가 적용되지 않습니다(국세기본법 제49조제1항).

장부나 증명서류가 천재지변 등으로 없어졌거나 압수·영치된 경우에는 승인을 신청해 의무를 면제받거나 기한을 연장받을 수 있습니다. 신청은 제출기한 안에 해야 합니다(시행령 제163조제2항, 제3항).

7. 작성 순서 한눈에 보기

1. 사업연도 중 주주·지분 변동이 있었는지 확인한다.
2. 주주명부, 등기부, 의사록, 양도계약서를 같은 날짜 기준으로 맞춰 실제소유자별 변동을 뽑는다.
3. 소액주주 판정(1% 미만, 액면 500만 원 이하, 개시일과 종료일 모두, 특수관계 여부)을 한다.
4. 별지 제54호서식에 개인별 명세와 면제 주주 소계를 적는다.
5. 양도가 있으면 양도명세서를 함께 만든다.
6. 신고기한 안에 전자신고로 낸다.

개별 사안은 주주 구성과 거래 내용 등 사실관계에 따라 달라질 수 있습니다.

궁금한 점은 이 사이트의 「상담 신청」이나 메일(cpa@taxhong.com)로 편하게 문의해 주세요.

자주 묻는 질문

주식을 판 주주가 없고 증자만 했는데도 내야 하나요?

냅니다. 법인세법 시행령 제161조제7항은 주식등의 변동을 매매·증자·감자·상속·증여 및 출자 등으로 주주등, 지분비율, 보유주식 액면총액이 바뀌는 경우로 정합니다. 증자로 지분비율이 바뀌면 사업연도 중 변동사항이 있는 것이므로 신고기한까지 제출해야 합니다(법인세법 제119조제1항).

직원 몇 명이 조금씩 가진 주식은 빼고 내도 되나요?

소액주주가 가진 주식은 제출 대상에서 빠집니다(법인세법 제119조제2항제2호). 다만 소액주주 판정은 사업연도 개시일과 종료일 두 날 모두 기준이고, 어느 한 날이라도 해당하지 않으면 소액주주로 보지 않습니다(시행령 제161조제5항). 면제되는 주주는 서식의 「제출의무면제 주주 소계」란에 묶어 적는 것으로 국세청 안내책자가 설명합니다.

기한을 넘겨서 냈는데 가산세가 줄어드나요?

기한이 지난 후 1개월 이내에 의무를 이행하면 제출등 의무 위반 가산세의 50%를 감면합니다(국세기본법 제48조제2항제3호나목). 그래도 미제출·누락·불분명 부분은 액면금액의 1%가 기준이므로(법인세법 제75조의2제2항), 기한 안에 제대로 내는 편이 낫습니다.