부가세 매입세액, 세금계산서를 받아도 공제가 안 되는 경우 7가지

부가가치세 신고 상담을 하다 보면 "세금계산서 다 받았는데 왜 이건 공제가 안 되느냐"는 질문을 자주 받습니다. 부가세는 매출세액에서 매입세액을 빼서 계산하지만, 세법은 일부 매입세액은 아예 빼 주지 않도록 정해 두었습니다.

오늘은 성종회계에서 부가세 신고를 하면서 자주 걸러 내는 불공제 매입세액을 정리해 보겠습니다. 실제 사례를 바탕으로 했지만 업체를 알아볼 수 없게 바꿨습니다. 개별 사안은 업종과 거래 내용에 따라 결론이 달라질 수 있으니 참고용으로 봐 주세요.

1. 기본 원칙: 제39조가 정한 불공제 목록

부가가치세법 제39조제1항 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

이 조항이 정한 항목은 크게 두 종류입니다. 서류 문제(세금계산서·합계표)와 용도 문제(사업 무관·승용차·접대·면세·등록 전)입니다.

2. 서류 문제: 세금계산서와 합계표

① 세금계산서를 받지 않았거나 내용이 틀린 경우(같은 항 제2호). 간이영수증만 받은 인테리어 공사비, 공급받는 자 등록번호나 공급가액이 틀린 세금계산서가 대표적입니다. 다만 시행령 제75조가 정한 경우에는 공제됩니다. 예를 들어 다음과 같습니다.

• 일부 기재사항이 착오로 틀렸지만 나머지 기재사항으로 거래 사실이 확인되는 경우(제2호)
• 공급시기 이후에 받았지만 그 과세기간의 확정신고기한까지 받은 경우(제3호)
• 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내에 받고 수정신고나 경정청구를 함께 하는 경우 등(제7호)

② 매입처별 세금계산서합계표를 내지 않았거나 틀리게 낸 경우(같은 항 제1호). 세금계산서를 받아 두고도 신고할 때 합계표에서 빠뜨리면 그 부분은 공제되지 않습니다. 홈택스 전자세금계산서는 자동으로 집계되지만, 종이 세금계산서는 빠뜨리기 쉽습니다.

3. 용도 문제: 다섯 가지

③ 사업과 직접 관련이 없는 지출(같은 항 제4호). 가족이 쓰는 생활용품, 사업에 쓰지 않는 개인 차량 수리처럼 사업과 관련 없는 매입입니다. 범위는 소득세법 시행령 제78조 등에서 정한 바에 따릅니다(부가가치세법 시행령 제77조).

④ 승용자동차(같은 항 제5호). 개별소비세가 과세되는 승용자동차의 구입, 임차(렌트·리스), 유지(주유·수리 등)에 관련된 매입세액은 공제되지 않습니다. 사장님들이 가장 많이 놓치시는 항목입니다. 운수업, 자동차판매업처럼 차량을 직접 영업에 쓰는 업종은 예외이고(시행령 제78조), 경차나 화물차처럼 대상 차종이 아니면 공제될 수 있습니다.

⑤ 기업업무추진비(접대비)(같은 항 제6호). 거래처 선물, 접대 식사 등 소득세법 제35조의 기업업무추진비와 관련된 매입세액은 공제되지 않습니다(시행령 제79조). 직원 회식비처럼 복리후생 목적의 지출과는 구분됩니다.

⑥ 면세사업과 토지 관련(같은 항 제7호). 부가세가 면제되는 사업(예: 병원의 진료, 학원 교육, 주택 임대)에 쓰려고 산 것의 매입세액은 공제되지 않습니다. 과세·면세 사업을 함께 하면 공통으로 쓴 매입세액을 비율로 나눕니다(같은 법 제40조). 또 토지의 조성 등 토지 가치를 높이는 비용의 매입세액도 공제되지 않습니다(시행령 제80조).

⑦ 사업자등록 신청 전의 매입(같은 항 제8호). 등록 전에 산 것은 원칙적으로 공제되지 않습니다. 다만 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청하면, 등록신청일부터 그 과세기간 시작일까지 거슬러 올라간 기간의 매입은 공제됩니다. 개업 준비 단계에서 큰 지출이 있다면 등록을 서두르세요.

4. 상담 사례: 개업 준비 중에 산 장비와 업무용 차량

새로 사무실을 연 사장님이 첫 부가세 신고 때 매입 자료를 모두 가져오셨습니다. 사무실 장비와 인테리어, 그리고 새로 산 업무용 승용차와 주유비 영수증이 섞여 있었습니다.

장비와 인테리어는 세금계산서를 제대로 받았고 등록 신청도 기한 안에 해서 공제됐습니다. 그런데 승용차 구입비와 주유비의 매입세액은 업종상 예외에 해당하지 않아 공제할 수 없었습니다. 또 공사 일부를 현금으로 치르고 간이영수증만 받은 부분이 있어서, 업체에 연락해 확정신고기한 전에 세금계산서를 다시 받도록 했습니다.

공제되지 않은 승용차 관련 매입세액은 소득세 계산 때 차량 취득가액이나 비용에 포함시켜, 부가세에서 못 받은 부분이 완전히 사라지지 않도록 정리했습니다.

5. 사장님들이 챙길 것

• 공사·장비 대금은 세금계산서로. 현금 거래라도 세금계산서를 받아 두세요.
• 세금계산서는 확정신고기한 전까지 받으면 공급시기보다 늦어도 공제됩니다.
• 승용차 관련 매입세액은 원칙적으로 불공제. 경차·화물차 등 대상 차종인지 확인하세요.
• 접대비와 직원 복리후생비를 구분하세요.
• 개업 준비 중이라면 사업자등록을 서두르세요. 과세기간 끝나고 20일이 넘으면 그 전 매입은 공제되지 않습니다.
• 공제 안 된 매입세액도 소득세 비용이 되는지 함께 확인하세요.

궁금한 점은 이 사이트의 「상담 신청」이나 메일(kicpa1658@gmail.com)로 편하게 문의해 주세요.

자주 묻는 질문

회사 차 기름값도 매입세액 공제가 되나요?

개별소비세가 과세되는 승용자동차의 구입·임차·유지에 관련된 매입세액은 공제되지 않습니다(부가가치세법 제39조제1항제5호). 운수업·자동차판매업처럼 차량을 직접 영업에 쓰는 업종은 예외입니다(시행령 제78조, 제19조). 경차나 화물차처럼 대상 차종이 아니면 공제될 수 있으니 차량 종류를 확인하세요.

세금계산서를 늦게 받으면 공제를 못 받나요?

공급시기 이후에 받았더라도 그 과세기간의 확정신고기한까지 받았다면 공제됩니다(시행령 제75조제3호). 확정신고기한이 지났더라도 그다음 날부터 1년 이내에 받고 수정신고나 경정청구를 함께 하는 등의 경우에는 공제될 수 있습니다(같은 조 제7호).

매입세액이 공제되지 않으면 그 돈은 그냥 손해인가요?

부가가치세에서 공제되지 않은 매입세액은 소득세(법인세) 계산 때 비용이나 자산 취득가액에 포함될 수 있습니다. 다만 사업과 관련 없는 지출처럼 소득세에서도 비용이 되지 않는 경우가 있습니다.