회계사 홍반장 & 샛별

폐업할 때 부가세·종합소득세는 어떤 순서로 마무리할까?

2026-10-08 · 부가가치세 · 회계사 홍반장 & 샛별
폐업할 때 부가세·종합소득세는 어떤 순서로 마무리할까? 한눈에 보기
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폐업을 결정하고 나면 문을 닫는 일에 정신이 팔려서 세금 정리는 뒷전이 되기 쉽습니다. 그런데 폐업은 사업자등록증 한 장 반납으로 끝나는 일이 아닙니다. 부가세, 직원이 있었다면 원천세, 그리고 다음 해 종합소득세까지 이어집니다.

이 글은 성종회계에서 폐업 상담을 하며 가장 먼저 짚어 드리는 순서를 정리한 것입니다. 사례는 알아볼 수 없게 바꿨고 날짜는 예시입니다. 개별 사안은 사업 형태와 사실관계에 따라 달라질 수 있으니 참고용으로 봐 주세요.

1. 먼저 폐업일부터 정합니다

폐업일은 사업장별로 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날입니다. 그날이 분명하지 않으면 폐업신고서를 접수한 날을 폐업일로 봅니다(부가가치세법 시행령 제7조제1항제3호). 이 날짜가 정해져야 부가세 신고기한과 과세기간이 정해지고, 뒤에 나오는 간주공급도 이 날을 기준으로 합니다.

2. 폐업 전에 정리할 것: 남은 재고와 비품, 그리고 미수금

남은 재고와 비품은 팔지 않아도 부가세가 붙습니다

사업자가 폐업할 때 자기생산·취득재화 중 남아 있는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 봅니다(부가가치세법 제10조제6항). 여기서 자기생산·취득재화는 매입세액을 공제받은 재화 등을 말합니다(같은 조 제1항 각 호). 그래서 다음처럼 정리됩니다.

그래서 폐업 전에 재고를 정상 가격으로 처분하면 일반 매출로 신고하게 되고, 처분하지 못하고 남기면 시가로 환산해 과세됩니다. 어느 쪽이든 부가세 확정신고에 반영해야 합니다. 매입세액을 공제받지 않은 재화는 이 규정의 대상이 아닙니다.

폐업 전에 공급한 것은 폐업일에 공급한 것으로 봅니다

폐업 전에 재화를 공급했는데 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 폐업일을 공급시기로 봅니다(같은 법 시행령 제28조제9항). 용역도 같습니다(같은 영 제29조제3항). 폐업 직전에 맺은 거래의 매출이 폐업 이후로 넘어가서 신고에서 빠지는 일은 없다는 뜻입니다.

3. 폐업신고는 지체 없이

부가가치세법 제8조제8항에 따라 폐업하면 지체 없이 관할 세무서장에게 신고해야 합니다. 폐업신고서에 사업자등록증을 첨부해서 제출하고(같은 법 시행령 제13조제1항·제2항), 허가·등록·신고가 필요한 업종은 주무관청에 제출해도 됩니다(같은 조 제5항).

한 가지 알아 두면 편한 점이 있습니다. 부가세 확정신고서에 폐업 연월일과 사유를 적고 사업자등록증을 첨부해 제출하면 폐업신고서를 낸 것으로 봅니다(같은 조 제3항). 폐업신고를 미루면 사업자등록이 그대로 남아 있어 부가세 신고 의무도 이어지니, 폐업일에 맞춰 신고하시길 권합니다.

4. 부가가치세 확정신고: 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일

폐업하는 경우의 확정신고 기한은 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일입니다(부가가치세법 제49조제1항). 과세기간은 폐업일이 속한 과세기간의 개시일부터 폐업일까지입니다(같은 법 제5조제3항).

신고기한을 놓치면 무신고가산세 등이 붙을 수 있습니다(국세기본법 제47조의2). 폐업 정리에 바쁘다 보면 이 기한을 놓치기 쉬우니, 폐업일이 정해지면 바로 달력에 신고일을 적어 두세요.

5. 직원이 있었다면: 원천세와 지급명세서

사업을 접었더라도 직원이나 3.3% 사업소득자에게 돈을 준 달의 원천징수와 지급명세서는 따로 챙겨야 합니다.

3.3% 사업소득 등에 대해 간이지급명세서를 이미 제출했다면 그 부분은 지급명세서를 낸 것으로 보는 경우가 있으니 함께 확인하세요(같은 법 제164조제7항). 지급명세서를 늦게 내면 가산세가 붙을 수 있으니 폐업 달에 일정을 확인해 두시면 좋습니다. 4대 보험의 사업장 탈퇴 신고는 각 보험 소관 기관에 따로 해야 하며 이 글에서는 다루지 않습니다.

6. 병원·학원처럼 부가세가 면제되는 사업이라면

부가세가 면제되는 개인사업자는 폐업하더라도 그 과세기간의 사업장 현황을 다음 연도 2월 10일까지 신고합니다. 해당 과세기간 중 폐업한 사업자도 포함됩니다(소득세법 제78조제1항). 부가세 과세사업자가 부가세를 신고했다면 사업장 현황신고를 한 것으로 봅니다(같은 항 제2호). 자세한 내용은 사업장 현황신고 글을 참고해 주세요.

7. 종합소득세: 폐업한 해에도 다음 해 5월

소득세는 폐업한 해의 소득도 다음 해 5월 1일부터 5월 31일까지 확정신고합니다(소득세법 제70조제1항). 폐업했다고 신고 시기가 당겨지지 않고, 과세표준이 없거나 결손금이 있는 경우에도 신고 대상에 포함됩니다.

폐업 연도에 특히 확인할 것은 다음과 같습니다.

8. 한눈에 보는 순서

  1. 폐업일을 정하고 남은 재고·비품을 정리합니다(간주공급 확인).
  2. 폐업신고서를 제출합니다(지체 없이).
  3. 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일까지 부가세 확정신고·납부를 합니다.
  4. 직원이 있었다면 원천세(다음 달 10일)와 지급명세서(다음다음 달 말일 등)를 챙깁니다.
  5. 다음 해 5월에 종합소득세를 신고합니다. 면세 사업자는 2월 10일 사업장 현황신고도 있습니다.

궁금한 점은 이 사이트의 「상담 신청」이나 메일(kicpa1658@gmail.com)로 편하게 문의해 주세요.

자주 묻는 질문

폐업하면 부가가치세 신고는 언제 해야 하나요?
폐업일이 속한 달의 다음 달 25일까지 확정신고를 합니다(부가가치세법 제49조제1항). 이때의 과세기간은 폐업일이 속한 과세기간의 개시일부터 폐업일까지입니다(같은 법 제5조제3항). 간이과세자도 같은 기한입니다(같은 법 제67조제1항).
폐업하는데 남은 재고나 비품에도 부가세를 내야 하나요?
매입세액을 공제받은 재고와 비품이 폐업할 때 남아 있으면 자기에게 공급한 것으로 보아 부가세를 냅니다(부가가치세법 제10조제1항·제6항). 과세표준은 재고는 폐업 시의 시가(같은 법 제29조제3항제3호), 비품·기계 같은 감가상각자산은 취득가액에서 지난 과세기간만큼 줄인 금액입니다(같은 조 제11항, 시행령 제66조).
폐업했는데 종합소득세 신고도 해야 하나요?
네, 폐업한 해의 소득도 다음 해 5월 1일부터 5월 31일까지 종합소득세를 확정신고합니다(소득세법 제70조제1항). 종합소득과세표준이 없거나 결손금이 있어도 신고 대상입니다(같은 항 괄호).
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